Materials Studio教程(中科大)

Materials Studio教程详细介绍了计算机材料设计的基础概念、发展和途径,涵盖快速启动、Visualizer、吸附定位、无定形单元、CASTEP、DISCOVER、DMOL3、FORCITE及REFLEX等多个模块。通过实例演示,教授如何创建项目、绘制分子、模拟吸附、计算晶格参数、搜索过渡态、分析能带结构等,适用于材料科学和化学领域的研究。
摘要由CSDN通过智能技术生成

目录

第0章 绪论 1
0.1 计算机材料设计的概念 1
0.2 计算机材料设计的发展 1
0.3 计算机材料设计的途径 2
第1章 快速启动教程 1
1.1 创建项目(Creating a project) 1
1.2 打开、浏览3D文档 2
1.3 绘制苯甲酰胺(benzamide)分子 4
1.4 用学习表文档进行浏览和工作 8
1.5 研究分子晶体:尿素 11
1.6 建立α-quartz晶体 12
1.7 建立聚甲基丙烯酸甲酯(methyl methacrylate) 14
1.8 保存项目、结束本教程 15
第2章 VISUALIZER 教程 16
2.1 项目管理 16
2.2 绘制简单的分子 21
2.3 绘制卟啉(porphyrin) 30
2.4 绘制有机金属结构 36
2.5 覆盖和对齐分子 43
2.6 精确定位和移动原子 46
2.7 在表面对接分子 49
2.8 使用polymer builder 54
2.9 使用layer builder 65
2.10 使用crystal builder 72
2.11 建立中尺度分子 81
2.12 用Analog Builder枚举库 84
2.13 用等位面(isosurfaces)和切片工作(slices) 88
2.14 域隔离和分析 94
第3章 ADSORPTION LOCATOR、BLENDS教程 99
3.1 用Adsorption Locator决定SO2在Ni(111)晶面上的位置 99
3.2 共混聚合物相容性筛选 102
第4章 AMORPHOUS CELL教程 109
4.1 计算两种聚合物的可混合性 109
4.2 使用限制性剪切协议 114
第5章 CASTEP 教程 120
5.1 用第一性原理预测AlAs的晶格参数 120
5.2 在Pd(110)表面CO分子的吸附 126
5.3 使用LST/QST工具搜索过渡态 136
5.4 计算BN的弹性常数 144
5.5 预测锗的热力学性质 150
5.6 计算铁磁性铁的声子谱 155
5.7 在Pd(110)面上吸附CO后电荷密度的变化 159
5.8 模拟CO_Pd(110)体系的STM图 163
第6章 DISCOVER教程 167
6.1 金属氧化物中的原子定型 167
6.2 聚合物与金属氧化物表面的相互作用 169
6.3 使用Discover计算振动模式 177
6.4 测量气体在聚合物中扩散系数 181
第7章 DMOL3教程 190
7.1 在DMol3中使用离域内部坐标对固体进行几何优化 190
7.2 使用LST/QST工具搜索过渡态 195
7.3 计算化学反应的自由能 201
7.4 使用DMol3的LST/QST和NEB工具探索化学反应的最低能量路径 206
7.5 用DMol3计算能带结构和态密度 213
第8章 FORCITE教程 219
8.1 氢在钨表面的物理吸附 219
8.2 尿素的几何优化 223
8.3 寻找分子在表面的低能结构 228
8.4 使用Materials Studio编辑力场 237
第9章 REFLEX教程 247
9.1 用粉末衍射图工作 247
9.2 粉末衍射图的指标化 254
9.3 使用X-Cell指标化4-nitrophenylhexylurethane 260
9.4 无机物的Rietveld 精修 266
9.5 有机物混合样品的定量相分析 271

内容:

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1.1量子力学方法 1.1.1 CASTEP CASTEP由Cambridge大学Mike Payne教授发布,采用密度泛函理论、平面波赝势法(用平面波描述外层价电子,内层电子用赝势代替),进行第一性原理量子力学计算的程序。其中总能量包含动能、静电能和交换关联能三部分,各部分能量都可以表示成密度的函数。电子与电子相互作用的交换和相关效应采用局域密度近似(LDA)或广义密度近似(GGA),静电势只考虑作用在系统价电子的有效势(即赝势:Ultrasoft 或norm-conserving),电子波函数用平面波基组扩展(基组数由Ecut-off确定),电子状态方程采用数值求解(积分点数由FFT mesh确定),电子气的密度由分子轨道波函数构造,分子轨道波函数采用原子轨道的线性组合(LCAO)构成。计算总能量采用SCF迭代。CASTEP在计算分子、固体、表面、界面、掺杂、错位等方面非常有优势。 主要功能及特性:  支持 PBE、PBE0、HSE03、HSE06以及SCAN meta-GGA 等交换关联泛函;  能量计算:形成能、吸附能、缺陷形成能、内聚能、表面能等;  结构优化:力与应力的计算、几何驰豫(原子坐标、晶胞参数、键长、键角、)等;  过渡态:过渡态搜索等;  电子结构:能带、态密度(局域、分波)、声子谱、电荷密度、差分电荷密度、电子局域函数、电子轨道、扫描隧道显微镜STM模拟、共价键级、静电势(支持可视化)、静电荷(Mulliken、Hirshfeld)、功函数、自旋极化(共线、非共线)、支持旋轨耦合、费米面、支持利用On-the-fly 生成模守恒(normconserving)赝势,特别适用于计算磁性材料和包含f电子的元素;  介电性质:波恩有效电荷、静态介电常数张量、极化率张量;  力学性质:弹性力常数张量,体模量,剪切模量,杨氏模量,泊松比;热力学性质:声子态密度、色散谱、熵、焓、自由能、零点能、德拜温度、等容热容随温度的变化曲线;  光学性质:红外光谱、拉曼光谱5.0、核磁共振谱(NMR CASTEP,可用DFT+U)、电子能量损失谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、X射线吸收谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、光频介电常数虚(实)部、吸收系数、折射率、能量损失函数、光导率虚(实)部;  动力学计算:支持NVE、NVT、NPT以及NPH等系综,以及多种控温控压函数;
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