Ricoxx的博客

Surf Ice is a tool for surface rendering the cortex with overlays to illustrate tractography, network connections, anatomical atlases and statistical maps. While there are many alternatives, Surf Ice is easy to use and uses advanced shaders to generate stu

BIDS全称是Brain Imaging Data Structure，是很多研究者对神经影像数据存放方式达成的一种共识，可以更方便的组织和分享数据。dcm2bids的主要目标是使 dicom 到 BIDS 的转换尽可能轻松。通过封装脚本可以轻松实现从0创建BIDS结构，将工作精力转移到最重要的config.json文件上。

BIDS全称是Brain Imaging Data Structure，是很多研究者对神经影像数据存放方式达成的一种共识，可以更方便的组织和分享数据

TrackVis是一款多平台DTI数据处理软件，可以在Windows系统或Linux系统下使用，可用于计算计算纤维束走形和显示非常方便的软件。该软件由两个工具箱构成，Diffusion Toolkit用于计算DTI或HARDI数据以及常用的各参数，如ADC、FA、本征值等。TrackVis用于对计算出的神经纤维束显示和分析，可以手工画ROI或VOI也可以通过导入ROI或VOI进行纤维束追踪，并可分析通过ROI的纤维束数目及长度等信息。是目前比较好用的一款DTI数据处理软件，上手比较容易。

在计算数据之前，需要去掉小脑区域，因此需要制作一个自定义的mask文件，使用wfu-pickatlas包方便挑选ROI。