制作指定脑区的maks(包括重采样)

需求背景：

        在计算数据之前，需要去掉小脑区域，因此需要制作一个自定义的mask文件，使用wfu-pickatlas包方便挑选ROI。

实施步骤：

安装基于matlab和spm的wfu-pickatlas插件包.安装他之前要保证已经安装好了matlab和spm.

        去网站上下载wfu-pickatlas插件包。注意看好要求的spm版本是否满足，不满足的先升级spm。网站地址：NITRC: WFU_PickAtlas: 專案資訊

 我是windows 11 系统，下载的是zip压缩包。下载完成后解压在本地得到包文件夹

 将文件夹拷贝到spm的toolbox中,然后在matlab中重新设置spm的包路径，一定要选择“添加并包含子文件夹”。这一步一定要做，防止找不到包。

 设置完成后，在matlab中选择“预设”--“常规”--“更新工具箱路径缓存”。

 在matlab命令行中输入“wfu_pickatlas”回车启动它，出现界面则是安装成功，如果报错就按照提示去解决报错地方。

至此，软件安装完成。

使用wfu-pickatlas挑选ROI并生成mask文件。

打开软件，选择“HUMAN ATLAS”,进入主界面。

 

 在左侧粉色区域选择一个模板，这里我选择AAL模板。然后界面的左侧显示AAL所有脑区，右侧是期望选中脑区。使用逻辑就是在左侧选择脑区，然后点击中间"ADD"按钮添加到右侧中。支持sheft键或者ctrl键一次性挑选、添加和删除多个脑区。其中AAL各个脑区名称可以参考这篇详细的博客：AAL模板及脑区功能介绍_dxfgcvhjbnklm的博客-CSDN博客（感谢博主贡献！）

 比如我要的mask是去除小脑区域，根据ALL分区，我剔除26个小脑区域，选择“left+right”，因为我要全脑mask而不是半脑mask。

 脑区选择完成后，点击“SAVE MASK”按钮，保存.nii到本地。

 保存完成后可以打开看一下，不包含小脑的mask就制作好了。

重采样

制作的maks维度未必满足实际的图像，在使用前需要将mask根据实际维度进行重采样，一般是初始mask维度比实际图像维度高，进而进行向下采样，如上文中制作的mask维度为【121 145 121】，实际图像的维度是【113 137 113】，因此执行下方步骤完成重采样。

重采样前mask维度大小

 

在matlab命令行中输入“spm”打开spm工具包，选择“Coregister”--"Coregister(Reslice)"

 在下方页面中设置参考图像（image Defining Space    也就是你想要重采样后的维度，随便一张.nii参考图像即可），输入mask图像(image to Reslice   需要被重采样的.nii图像,这里就是上文中的mask文件)和输出结果文件前缀（Filename Prefix    自定义一个字符串即可）。

 然后点击运行，默认输出文件和被重采样图像在同一个路径下，可根据定义的前缀查找文件。如我的maks运行完成后有一个routput.nii文件，mask的维度变成了【113 137 113】