Rita的程序bug-CSDN博客

原创如何在linux中下载R或者更新R

package ‘Seurat’ was built under R version 4.3.3Loading required package: SeuratObjectError: This is R 4.0.4, package ‘SeuratObject’ needs >= 4.1.0

2024-06-17 20:53:13 983

原创 VCF文件通过bgzip和tabix的压缩和索引后转换为.gz后缀的压缩文件和.tbi后缀的索引文件

VCF（Variant Call Format）文件是一种常用于存储基因组变异数据的文件格式。bgzip和tabix是两款常用的工具，分别用于压缩VCF文件和为其建立索引。

2024-05-22 19:44:45 919 1

原创报错|使用prefetch下载数据报错处理

初学者在学习过程中总是会遇到很多的报错，我今天在使用prefetch下载数据时提示报错，所以我就查询了大量的信息，所以我就做了一些小总结。一般来说，下载数据出现报错，第一时间应该考虑是否是网络问题。

2024-04-30 12:20:27 319 1

原创 Linux报错处理：‘abrt-cli status’ timed out

abrt-cli是ABRT(Automated Bug Reporting Tool)的命令行接口，用于在Linux系统中处理和报告程序崩溃。如果abrt-cli status命令超时，这可能是由于多种原因，包括但不限于系统资源不足、ABRT服务未正常运行、网络问题或配置错误。

2024-04-23 19:16:54 2723

原创数据的质量控制软件----fastQC

FastQC的基本介绍:FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data高通量测序数据的高级质控工具输入FastQ，SAM，BAM文件，输出对测序数据评估的网页报告

2024-04-20 17:10:38 3926 2

原创转录组测序分析

组测序原理1.定义2.转录组类型3.普通转录组测序实验流程图-RNA-Seq4.cDNA文库5.文库质控6.上机测序6.1、测序原理-边合成边测序（SBS）1.Flowcell-流动池2.桥式PCR扩增7.得到测试数据五、RNA-seq 应用六、补充---碱基质量值七、需要掌握linux基础知识【以及掌握fa、fq等等数据格式】

2024-04-19 19:30:00 2599 1

原创 Linux进阶---常见符号及其含义、常见报错

找不到文件、文件不存在：No such file or directory没有权限：Permission denied命令不存在：command not found

2024-04-18 19:30:00 370 1

原创 Linux进阶--文本处理grep、sed、awk命令

grep：一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式匹配模式搜索文本，并把匹配的行打印出来格式sed：流编辑器，一般用来对文本进行增删改查awk：也称 gawk，编程语言，可对文本和数据进行处理

2024-04-17 19:30:00 1042

原创 Linux进阶--生物信息学常见的文件格式：fasta、fastq、gff/gtf

生物信息学常见的文件格式：fasta、fastq、gff/gtf

2024-04-12 19:30:00 681

原创 Linux基础--文本编辑器vim

这是一篇关于Linux上的文本编辑器vim，掌握基本的操作技巧，会使你省略非常的时间哦。

2024-04-11 19:30:00 398 1

原创 Linux基础--文本查看、操作、统计命令head/tail，cat/tac，less/more、wc，sort，uniq、cut，paste，tr

cat--查看文本，输出到屏幕 head 显示文档的开头至标准输出中，默认显示十行 tail 显示文档的末尾至标准输出中，默认显示十行 more 逐页查看文档内容less-- 逐页查看文档内容，more的升级版 wc 统计文本的行数等cut --文本切割sort-- 排序uniq --去重复paste --文本合并tr --字符替换。

2024-04-10 19:30:00 765 3

原创 Linux基础--pwd、ls、cd、mkdir、touch、mv、rm、cp、ln、tar

pwd ## print working directory 打印工作目录ls ## list 列出cd ## change directory 切换目录mkdir ## make directory建立一个新的目录touch ## 创建文件 “摸一个文件出来”mv ## move 移动和重命名rm ## remove 删除cp ## copy and paste 拷贝粘贴tar ## tape archive 压缩或者解压文件ln ## link 链接文件。

2024-04-09 20:51:44 1014

原创 R语言--09字符串、数据框、条件与循环、隐式循环、表达矩阵画箱线图

R语言中的字符串、数据框、条件与循环、隐式循环、表达矩阵画箱线图综合应用

2024-03-24 18:14:37 1455 1

原创 R语言--08保存与导出

用R语言将所绘制的图保存并导出为ppt形式或者是图片形式

2024-03-22 19:30:00 837 2

原创 R语言---07作图plot()、ggplot()、boxplot()

R语言中最常见的绘图函数plot（）、ggplot（）、boxplot（）

2024-03-20 19:30:00 1649 1

转载 R语言--向量元素的提取、删除、添加，长度获取，向量计算

向量元素的提取、删除、添加，长度获取，向量计算

2024-03-19 19:30:00 960 1

原创 R语言--06文件读写read.table()、read.csv()

在数据文件中有行头且首行的字段名比数据列少一个的情况下，*数据文件中第1列将被视为行名称。当我写的是check.names=F的时候：列名使用的分隔符是-，理论上是不太规范的，所以r语言系统自动给改了。是r语言特有的数据存储格式。无法用其他软件打开，保存的是变量，不是表格文件，支持多个变量存到同一个Rdata。用于指定文件中的数字转换为双精度数据时丢失精度的情况下如何进行转换。用于对有特殊字符的字符串划定接线的字符串，默认值是TRUE(“)或单引号。的作用就是原本的文件已经给出了列名，不用重新再设。

2024-03-18 21:13:28 1769 1

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