R语言igraph软件包方法

一、igraph软件包创建图和网络

R语言的术语网络是加权无向图和加权有向图。igraph 是一个独立的库，底层是 C，上层有 Python 和 R 接口，主要做图和网络方面的计算，附带绘图功能。

调试顶点的大小（参数vertex.size）和顶点标签（参数vertex.label.cex）的大小。

igraph中图的数据结构
      igraph中基本的graph structure采用的是EdgeList，所以在igraph中自然而然的允许multiedge的存在，当然它也提供了Adjancency list（对某些算法，大部分算法接受的参数是edgelist）。数据结构igraph_t定义如下: 
typedef struct igraph_s {
  igraph_integer_t n;   #图的顶点个数
  igraph_bool_t directed;   #有向图，无向图
  igraph_vector_t from;   #边的起点
  igraph_vector_t to;       #边的终点
  igraph_vector_t oi;        #尾结点下标
  igraph_vector_t ii;         #头结点下标
  igraph_vector_t os;
  igraph_vector_t is;
  void *attr;               
} igraph_t;

igraph中顶点和边都是从0开始编号。n是图的顶点个数，directed是有向图标识。所有边的顶点存储在from和to两个向量(igraph_vector_t)中，oi[e]对应的是编号为e的边所对应的尾结点在from中的index，同样ii[e]对应于e的头节点在to中的index（也就是是说e 可以表示为 from[oi[e]] -> to[ii[e]]）。所以from,to,oi,ii都是长度与边数相同的向量。

os和is则和oi，ii相反，表示的是从顶点到边的映射，从顶点v出发的第一条边为 from[oi[os[v]]] -> to[ii[os[v]]]，所以当os[v] == os[v + 1]时候就表示从该顶点没有出边。向量is同理。os,is都是长度为顶点数加一的向量。

操作igraph_t的一些基本API如igraph_empty, igraph_adjacent等见于文档手册。

因为采用的是edgelist的结构，所以增/减边（顶点）的操作在igraph中是相当耗费时间的。add和delete操作的时间复杂度基本上都是O(|V| + |E|)或者O(|V|)。

二、例题

eg1.有weight的图

require(igraph)
d = data.frame(p1 = c('a', 'b', 'c'),
               p2 = c('b', 'c'