python3的安装
本来以为做单细胞数据分析,我有一个R就够了,结果没想到现在竟然还有人开发的包是要基于python的,真的是给我这种小菜鸡增加学习难度,服务器已经是现成的了,但是因为还是python2.7,那我也只能自己看看怎么能安一个python3,可能是强迫症,啥东西都喜欢追求潮流,这软件也得安装一个最新的。
python3官网链接(https://www.python.org/downloads/source/)
#下载文件
wget "https://www.python.org/ftp/python/3.9.6/Python-3.9.6.tgz"
# 解压压缩包
tar -zxvf Python-3.9.6.tgz
# 进入文件夹
cd Python-3.9.6
# 配置安装位置
./configure prefix=/opt/tools/Python-3.9.6
# 安装
make && make install
#添加python3的软链接
ln -s /opt/tools/Python-3.9.6/bin/python3.9 /usr/bin/python3
#添加 pip3 的软链接
ln -s /opt/tools/Python-3.9.6/bin/pip3.9 /usr/bin/pip3
上述操作都是在root权限下操作的。
python包的安装
1,安装.tar.gz压缩包(以numba包为例)
#下载包,直接网页搜索python3 numba就可以找到,下载相应文件即可
wget "https://files.pythonhosted.org/packages/e3/7d/3d61160836e49f40913741c464f119551c15ed371c1d91ea50308495b93b/numba-0.53.1.tar.gz"
#平平无奇的解压
tar -zxvf numba-0.53.1.tar.gz
cd numba-0.53.1/
python3 setup.py install
#实际我后面还需要安装好多包,但是安装方法都是类似的,所以就不展示了
2,安装.whl包(以setuptools包为例)
#下载及安装
wget "https://files.pythonhosted.org/packages/bd/25/5bdf7f1adeebd4e3fa76b2e2f045ae53ee208e40a4231ad0f0c3007e4353/setuptools-57.4.0-py3-none-any.whl"
pip3 install setuptools-57.4.0-py3-none-any.whl
3,安装.zip包
wget "https://files.pythonhosted.org/packages/0b/a7/e724c8df240687b5fd62d8c71f1a6709d455c4c09432c7412e3e64f4cbe5/numpy-1.21.1.zip"
unzip numpy-1.21.1.zip
cd numpy-1.21.1/
python3 setup.py install
包的安装总结方法
python3 install packaegs_name
pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple (packages_names)
#如果要升级则需要加入参数“--upgrade”,或者安装特定包的版本“packages_names==version”
出现gcc版本太低问题该怎么办,这里参考
https://blog.csdn.net/qq_42189083/article/details/109612289
对gcc升级就好。
当然最后还是建议大家使用conda,conda的安装可以参考我之前发的有关文章(https://blog.csdn.net/rotator00cc/article/details/119144967)
conda安装包的好处在于不会存在编译的一些问题,如果要安装某些包,例如numpy,这在普通安装时是很困难的,需要提供各种编译工具合适的版本,我在实践中,发现许多包会用gcc编译工具,而它的版本有时候在我们的服务器中是过低或者过高的,这都有可能导致安装中出现问题。
conda安装包则基本不存在问题,只需要搜索 conda install numpy,就可以找到类似
剩下的只需要复制网站提供的安装语句,就可以顺利安装numpy这个包。
总结
最后,建议大家使用conda,如果还没有用过,那么请赶快使用起来,这将让你事半功倍。
conda安装包很好用,同时,其他的安装策略同样也是可以使用的,大家就要灵活运用了。