TCGA
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sayhello1025
这个作者很懒,什么都没留下…
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TCGAbiolinks整理表达数据和临床数据
TCGA 表达数据和临床数据原创 2022-06-10 11:37:14 · 7109 阅读 · 10 评论 -
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tcga整合所有的具有癌与癌旁的样本
整合所有的具有癌与癌旁的样本###导入矩阵library(limma)rt=as.matrix(rt)rownames(rt)=rt[,1]exp=rt[,2:ncol(rt)]dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames...原创 2020-03-24 16:45:06 · 3319 阅读 · 1 评论 -
TCGA样本分型
首先我们要定义所有样本的分型我们从TCGAbiolinks 中获取library(TCGAbiolinks)subtypes <- PanCancerAtlas_subtypes()DT::datatable(subtypes, filter = 'top', options = list(scrollX = TRUE, keys =...原创 2020-01-15 20:01:07 · 7575 阅读 · 13 评论 -
TCGA数据下载及矩阵整理
首先我们进入TCGA数据库TCGA官网首先看一下文件类型,悬着数据处理方式及工作流程看一下例子里面各种类型,有组织是什么,癌症项目。点击进入购物车下载所有文件点击cart所有压缩文件合并到一个文件内###将所有压缩包移到一个名为files的文件里面use strict;use warnings;use File::Copy;my $newDir="files";un...原创 2019-12-24 16:43:36 · 16425 阅读 · 27 评论 -
TCGAbiolinks 下载临床数据
自己安装这个R包TCGAbiolinks点进去安装,下面直接代码library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)library(SummarizedExperiment)library("clusterProfiler")getGDCprojects()$project_id #获取TCGA中最新的不同癌种的项目号TCGAbiolinks...原创 2019-12-17 16:55:53 · 5197 阅读 · 0 评论 -
XENA GTEx整理
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TCGA临床数据整理
TCGA临床数据的整理是一个基本的操作 我们选择临床数据在Data category 中选择clinical 最重要的在Data format 中一定要选择XML的]格式选择自己研究的TCGA肿瘤类型,添加到cart里面下载数据点击download 下载 cart的内容 保存你们自己喜欢的位置。下面一步是个小技巧 ,使用Windows 的小伙伴在右侧工具栏搜索XML格式 会把每个文件夹...转载 2019-12-10 14:49:30 · 19612 阅读 · 17 评论