- 博客(25)
- 收藏
- 关注
RSS订阅
原创 本地搭建谷歌 Gemini 人工智能聊天机器人
谷歌正式开放了 API，只要你有一个Google账号和海外 IP ，就可免费申请使用 Gemini Pro&Gemini Pro Vision，相关功能可媲美GPT4！第一步你需要进入API的官网Gemini 右上角登陆你的谷歌账号，现在很难注册这个账号，然后点击Get API key接着会出现下面的框，按照我的勾选进行选择选择第二个，可以自己构建，当然第一个也可以，就是界面不太好看按照的红框的内容进行获取免费的API接口随后借助 Vercel进行部署构建，右上角登陆选择第
2024-01-27 20:47:07
387
原创 文献分享 C-C 模体化学因子受体2的抑制通过恢复免疫细胞格局减轻肝纤维化
发表于 International Journal of Biological Sciences IF = 9.2摘要在肝脏中，细胞外基质（ECM）蛋白的积累导致肝纤维化和晚期肝硬化。C-C 模体化学因子受体 2（CCR2）是治疗肝纤维化的一个有吸引力的靶点。然而，目前对于CCR2抑制如何减少ECM积累和肝纤维化的机制进行了有限的研究，而这正是本研究的重点。通过对野生型小鼠和Ccr2缺失小鼠（Ccr2-/-）进行四氯化碳（CCl4）诱导的肝损伤和肝纤维化，发现CCR2在小鼠和人类纤维化肝中上调。
2023-11-13 15:03:33
319
原创 Single-cell 10x Cell Ranger analysis
next Build a custom reference using Cell Ranger mkref首先，找到您物种的参考基因组 FASTA 和 GTF 文件。如果该物种可从 Ensembl 数据库中获得，我们建议使用那里的文件。来自 Ensembl 的 GTF 文件包含可选标签，使过滤变得容易。如果 Ensembl 无法获得您感兴趣的物种，也可以使用其他来源的 GTF 和 FASTA 文件。请注意，GTF 文件是必需的，而不支持 GFF 文件。（请参阅 GFF/GTF 文件格式 - 定义和支持的选
2023-11-06 11:57:29
384
原创 常驻巨噬细胞诱导的纤维化在胰腺炎性损伤和PDAC中具有不同的作用
1. TRMs是能够在组织长期存活的细胞，并在表型上与单核细胞来源的巨噬细胞有所不同。TRMs通常在组织内稳态期间发挥重要作用，但在不同的病理情况下，它们的功能和角色尚不清楚。2. 研究发现，在小鼠的胰腺炎和胰腺癌中，积累的大部分巨噬细胞来自于TRMs的扩增。这表明TRMs在这些疾病的发展中起着重要作用。3. 胰腺TRMs表现出与细胞外基质重塑相关的表型，这在炎症期间对维持组织稳态非常重要。TRMs的丧失导致严重的胰腺炎恶化和死亡，原因是腺泡细胞的存活和恢复受到损害。
2023-09-13 10:01:24
453
原创 ggpubr 计算的P值不是校正后P解决并绘图
ggpubr计算的P值存有问题被统计大佬诟病，无法使用bonferroni的方法进行多重，比较烦发现GitHub https://github.com/kassambara/rstatix 这个叫rstatix的包可以搞上才艺，library搞起library(ggpubr)library(rstatix)#导入数据rt=read.table(inputFile,sep="\t",header=T,check.names=F)数据长这样这个包的操作让我很迷茫pairwise_t_test
2022-03-09 15:59:31
886
原创 count转化为TPM
library(biomaRt)#查看基因组参数mart = useMart('ensembl')listDatasets(mart)#你需要哪个基因组，就复制它在dataset列里的词，放在下面这行的`dataset = `参数里#此处以人类为例，植物参考注一bmart <- biomaRt::useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", dataset = "hsapiens_gene_ens
2021-11-19 15:51:45
6184
3
原创 GEO处理总结
library(GEOquery)library(limma)gset <- getGEO('GSE76427', destdir=".", AnnotGPL = F, ## 注释文件 getGPL = F) a=gset[[1]]dat1=exprs(a)dim(dat1)metadata=pData(a)#转换ID#GPL3921 library(hthgu133a.db)ids=toTable(hthgu1
2021-10-09 18:26:35
782
原创 数据匹配技巧
数据匹配不同数据根据固定列进行匹配data1 <- data.table::fread('orig_edge_list.csv',data.table = F)> data1 Source Target1 1212 C008362 56848 C008363 10558 C008364 6609 C008365 5476 C008366 427 C008367 7124 C008368 81537 C008
2021-09-14 21:34:28
471
原创 2021-04-27
在这library('limma')symbol <- data.table::fread('./bulk data/02.tcga/gencode.v22.annotation.gene.probeMap',data.table = F)rownames(symbol) <- symbol[,1]tcga_fpkm <- data.table::fread('./bulk data/02.tcga/TCGA-BRCA.htseq_fpkm.tsv/TCGA-BRCA.htseq_
2021-04-27 20:21:05
313
原创 图片库
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用...
2021-01-19 20:38:10
171
原创 芯片注释
library(hgu133plus2.db)library(GEOquery)a=getGEO(‘GSE103091’,destdir = ‘.’)metadata=pData(a[[1]])[,c(2,11,12,13,14,15)]datTraits = data.frame(gsm=metadata[,1],age =trimws(sapply(as.character(meta...
2020-03-29 16:40:09
760
原创 tcga整合所有的具有癌与癌旁的样本
整合所有的具有癌与癌旁的样本###导入矩阵library(limma)rt=as.matrix(rt)rownames(rt)=rt[,1]exp=rt[,2:ncol(rt)]dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames...
2020-03-24 16:45:06
3301
1
原创 GEO
m(list = ls()) ## 魔幻操作，一键清空~options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时，将stringsAsFactors设置为FALSE可以避免character类型自动转化为factor类型# 注意查看下载文件的大小，检查数据 f='GSE64634_eSet.Rdata'# https://www.ncbi.nlm....
2020-01-27 11:52:53
957
1
原创 TCGA样本分型
首先我们要定义所有样本的分型我们从TCGAbiolinks 中获取library(TCGAbiolinks)subtypes <- PanCancerAtlas_subtypes()DT::datatable(subtypes, filter = 'top', options = list(scrollX = TRUE, keys =...
2020-01-15 20:01:07
7362
13
转载 linux中后台运行R代码
linux中后台运行R代码需要准备好文件路径以及相应的输入文件 与在RStudio中一样 ，但是需要首行加入#! /usr/bin/env Rscript举个列子 写了一个贼坑的大循环#! /usr/bin/env Rscriptlibrary(survival)library(caret)library("glmnet")library(survminer)library("s...
2020-01-03 09:25:35
3750
1
原创 TCGA数据下载及矩阵整理
首先我们进入TCGA数据库TCGA官网首先看一下文件类型，悬着数据处理方式及工作流程看一下例子里面各种类型，有组织是什么，癌症项目。点击进入购物车下载所有文件点击cart所有压缩文件合并到一个文件内###将所有压缩包移到一个名为files的文件里面use strict;use warnings;use File::Copy;my $newDir="files";un...
2019-12-24 16:43:36
16309
27
原创 TCGAbiolinks 下载临床数据
自己安装这个R包TCGAbiolinks点进去安装，下面直接代码library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)library(SummarizedExperiment)library("clusterProfiler")getGDCprojects()$project_id #获取TCGA中最新的不同癌种的项目号TCGAbiolinks...
2019-12-17 16:55:53
5157
原创 XENA GTEx整理
首先我们看一下简介TCGAbiolinks: An R/Bioconductor package for integrative analysis with GDC data最近新加一个 Mounir，Mohamed，Lucchetta，Marta，Silva，CT，Olsen，Catharina，Bontempi，Gianluca，Chen，XI，Noushmehr，Houtan，Colap...
2019-12-11 11:52:06
11112
10
原创 获取gtf文件gene symbol ENSID gene_biotype
首先下载gtf文件，这里我们引用的是Ensembl的文件enensembl gtf文件下载这里面我们下载完文件后我们如何查看这个文件信息呢，首先我们用UEStudio 打开后我们看一下文件的数据结构可以看到里面的我们想要的有gene_ID 和基因的名字 以及这个基因的biotype，我们明确想要提取的对象后导入我们的R中进行提取。library(refGenome)ens <-...
2019-12-10 18:10:13
6240
转载 TCGA临床数据整理
TCGA临床数据的整理是一个基本的操作 我们选择临床数据在Data category 中选择clinical 最重要的在Data format 中一定要选择XML的]格式选择自己研究的TCGA肿瘤类型，添加到cart里面下载数据点击download 下载 cart的内容 保存你们自己喜欢的位置。下面一步是个小技巧 ，使用Windows 的小伙伴在右侧工具栏搜索XML格式 会把每个文件夹...
2019-12-10 14:49:30
19425
17
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人