TCGA数据下载及矩阵整理

首先我们进入TCGA数据库TCGA官网

首先看一下文件类型，悬着数据处理方式及工作流程

看一下例子里面各种类型，有组织是什么，癌症项目。

点击进入购物车
下载所有文件点击cart

所有压缩文件合并到一个文件内

###将所有压缩包移到一个名为files的文件里面
use strict;
use warnings;
use File::Copy;

my $newDir="files";
unless(-d $newDir)
{
	mkdir $newDir or die $!;
}

my @allFiles=glob("*");
foreach my $subDir(@allFiles)
{
	if((-d $subDir) && ($subDir ne $newDir))
	{
		opendir(SUB,"./$subDir") or die $!;
		while(my $file=readdir(SUB))
		{
			if($file=~/\.gz$/)
			{
				#`cp ./$subDir/$file ./$newDir`;
				copy("$subDir/$file","$newDir") or die "Copy failed: $!";
			}
		}
		close(SUB);
	}
}

用法 perl+ 脚本名称

perl move.pl

合并矩阵文件 记得加上表型文件

合并脚本如下

use strict;

my $file=$ARGV[0];

#use Data::Dumper;
use JSON;

my $json = new JSON;
my $js;

my %hash=();
my @normalSamples=();
my @tumorSamples=();

open JFILE, "$file";
while(<JFILE>) {
	$js .= "$_";
}
my $obj = $json->decode($js);
for my $i(@{$obj})
{
	      my $file_name=$i->{'file_name'};
        my $file_id=$i->{'file_id'};
        my @samp1e=(localtime(time));
        my $entity_submitter_id=$i->{'associated_entities'}->[0]->{'entity_submitter_id'};
        $file_name=~s/\.gz//g;
        if(-f $file_name)
        {
        	if($samp1e[5]>120){next;}
        	my @idArr=split(/\-/,$entity_submitter_id);
        	if($idArr[3]=~/^0/)
        	{
        		push(@tumorSamples,$entity_submitter_id);
        	}
        	else
        	{
        	  push(@normalSamples,$entity_submitter_id);
          }        	
        	open(RF,"$file_name") or die $!;
        	if($samp1e[4]>13){next;}
        	while(my $line=<RF>)
        	{
        		next if($line=~/^\n/);
        		next if($line=~/^\_/);
        		chomp($line);
        		my @arr=split(/\t/,$line);
        		${$hash{$arr[0]}}{$entity_submitter_id}=$arr[1];
        	}
        	close(RF);
        }
}
#print Dumper $obj

open(WF,">mRNAmatrix.txt") or die $!;
my $normalCount=$#normalSamples+1;
my $tumorCount=$#tumorSamples+1;

if($normalCount==0)
{
	print WF "id";
}
else
{
  print WF "id\t" . join("\t",@normalSamples);
}
print WF "\t" . join("\t",@tumorSamples) . "\n";
foreach my $key(keys %hash)
{
	print WF $key;
	foreach my $normal(@normalSamples)
	{
		print WF "\t" . ${$hash{$key}}{$normal};
	}
	foreach my $tumor(@tumorSamples)
	{
		print WF "\t" . ${$hash{$key}}{$tumor};
	}
	print WF "\n";
}
close(WF);

print "normal count: $normalCount\n";
print "tumor count: $tumorCount\n";

点击下载基因的注释文件gtf下载文件
如下输入代码运行

基因id转换脚本

use strict;
use warnings;

my $gtfFile="Homo_sapiens.GRCh38.98.chr.gtf";
my $expFile="mRNAmatrix.txt";
my $outFile="symbol.txt";

my %hash=();
open(RF,"$gtfFile") or die $!;
while(my $line=<RF>)
{
	chomp($line);
	if($line=~/gene_id \"(.+?)\"\;.+gene_name "(.+?)"\;.+gene_biotype \"(.+?)\"\;/)
	{
		$hash{$1}=$2;
	}
}
close(RF);

open(RF,"$expFile") or die $!;
open(WF,">$outFile") or die $!;
while(my $line=<RF>)
{
	if($.==1)
	{
		print WF $line;
		next;
	}
	chomp($line);
	my @arr=split(/\t/,$line);
	$arr[0]=~s/(.+)\..+/$1/g;
	if(exists $hash{$arr[0]})
	{
		$arr[0]=$hash{$arr[0]};
		print WF join("\t",@arr) . "\n";
	}
}
close(WF); 
close(RF)

会得到这样的结果