天气研究和预报 (WRF) 模型是一种中尺度数值天气预报系统,在全球范围内用于业务预报和研究目的。
从WRF4.4开始,wrf的代码编译方式有了较大的改变,开始使用GIT命令进行源源码同步,本例使用英特尔编译器2020U4安装 WRF 4.4 模型。
我想这个文档可能对于想要在 HPC 环境中从头开始安装 WRF 的人会有所帮助。使用intel编译器编译出来的程序,效率要高于gcc和gfortran编译出的程序,计算同样的domain会比较节约时间,提高程序性能。
安装环境
物理主机:3台dell服务器,一台控制器+2台计算节点
共享存储:使用一台存储服务器共享NFS的方式,为了确保网络性能,采用Infiniband 100G互联
操作系统: CentOS 7.9 x86-64
编译器:intel parallel studio xe2020 u4 for Linux
需要的类库
- zlib
- libpng (if required)
- HDF5
- NetCDF
- JasPer
建议以上的类库都提前安装好,可以使用yum的epel的依赖库安装除了NETCDF之外的程序,如果你使用了yum安装方法,就需要跳过编译安装的相关说明,并且你要很清楚export的环境变量也会随之发生改变,建议都用编译的方式进行安装,按照我的方式进行。NETCDF是不可以用yum方式安装的。目前epel提供的安装包是4.3.1,即使安装正常,跟wrf4.4一起编译时会发生netcdf.inc找不到的问题:
Not found /home/wrf/wrf_libs_intel/include/netcdf.inc
设置intel编译器的环境变量
export CC=icc
export FC=ifort
export F90=ifort
export CXX=icpc
1. 安装zlib
mkdir wrf_install_intel
cd wrf_install_intel/
wget https://zlib.net/zlib-1.2.12.tar.gz
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.12/
./configure --prefix=/home/wrf/wrf_libs_intel/
make
make install
2. 安装 libpng
wget https://onboardcloud.dl.sourceforge.net/project/libpng/libpng16/1.6.37/libpng-1.6.37.tar.gz
tar xvf libpng-1.6.37.tar.gz
cd libpng-1.6.37/
./configure --prefix=/home/wrf/wrf_libs_intel/
make
make install
3. 安装HDF5
cd ../
wget https://www.hdfgroup.org/package/hdf5-1-12-1-tar-gz/?wpdmdl=15727&refresh=629dc0d61e9841654505686 -