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原创 差异基因太多,除了GO富集分析,还能这样挑选关键靶标?
差异分析后,如果鉴定到的差异基因偏少,我们可以从调整实验设计(选择表型有显著差异的样本、避免批次效应)、剔除异常样本(参考相关性热图、PCA)、降低筛选阈值(FC、P Value)、更换分析软件(DESeq2、edgeR)等方面尝试解决。
2024-08-16 14:12:28 558
原创 差异基因中找不到关注的基因,如何解决?
组学研究中,有时我们会遇到这样的情况:GO/KEGG富集分析中出现了我们比较感兴趣的通路,但是却找不到预期关注的基因。
2024-08-15 15:38:29 514
原创 思维打开!跳出单一层面基因调控研究!
近些年来,表观遗传修饰和表观转录组学在国自然申报和各类文章中高频出现,热度爆炸。其中,表观遗传修饰包括DNA甲基化、染色质构象变化、组蛋白修饰等,更多地强调在DNA层面调控基因的表达。
2024-08-14 16:14:47 506
原创 差异基因太多,如何挑选进行深入研究?
通过对组学数据进行分析,我们通常会获得较多的差异基因。每个基因可能又具有多种不同的功能,仅依靠看似“散乱”的一个个基因并不足以诠释宏观、复杂的生物学问题。
2024-08-14 14:43:44 1062
原创 快速发掘性状关联基因的好方法!
使用预测表达水平的全转录组关联研究(TWAS)已被认作一种鉴定复杂性状和疾病中新基因组风险区域和候选风险基因的有效方法。
2024-08-13 15:05:46 795
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