思维打开！跳出单一层面基因调控研究！

近些年来，表观遗传修饰和表观转录组学在国自然申报和各类文章中高频出现，热度爆炸。其中，表观遗传修饰包括DNA甲基化、染色质构象变化、组蛋白修饰等，更多地强调在DNA层面调控基因的表达。而表观转录组学则聚焦RNA分子上特定的化学修饰，包括但不限于N1-甲基腺苷（m1A）、5-甲基胞苷（m5C）、N6-甲基腺苷（m6A）、N7-甲基鸟苷（m7G）、N4-乙酰胞苷（ac4C），通过影响RNA剪接、加工、转录、翻译和稳定性等，在RNA层面调控基因的表达。

之前，对于基因表达调控的研究，大多围绕表观遗传修饰或RNA修饰的某一部分，仅从DNA或RNA的单一层面来解析机制。

举个例子

1. 表观遗传修饰思路，通常联合ChIP-seq/CUT&Tag和RNA-seq解析组蛋白修饰介导的基因表达变化。此外，为了凸显研究的全面和深入，还会额外补充ATAC-seq展示生物学过程中染色质可及性变化，但仔细想来，ATAC-seq更多起到锦上添花的作用。
2. RNA修饰思路，通常联合meRIP-seq/acRIP-seq和RNA-seq阐明RNA修饰介导的基因表达变化。当然，也可能补充RIP-seq/LACE-seq/CLIP-seq强调RBP与发生修饰转录本之间的相互作用。

但不管是哪种，最终都只停留在各自的领域中独自为战。这种人为割裂、单一层面的研究模式将复杂统一、协调多元的生物学过程简单化，既容易产生大量套路化、同质化、IF不高的研究成果，又扼杀了思维创新和科研进步。目前，表观遗传修饰和RNA修饰之间的串扰正受到越来越多的关注。而机制研究中也越来越强调多种层面基因调控方式的耦合。

图1 表观遗传和表观转录机制示意图

m6A与组蛋白修饰之间的串扰

1）m6A与H3K9me3

异染色质是基因组的重要组成部分，它维持基因组的完整性。抑制嵌入的卫星重复序列和转座元件的活性是异染色质的重要功能之一。

H3K9me3被认为是异染色质的分子特征，m6A可以通过影响H3K9me3水平介导异染色质调节。敲除Mettl3并利用丧失催化活性的Mettl3APPA进行挽救未能恢复IAP元件处的H3K9me3水平。相反，敲除Alkbh5显著增加这些位点的H3K9me3水平。Mettl3催化形成的m6A可以被Ythdc1读取并有助于异染色质的形成。Ythdc1 ChIP-seq证实Ythdc1同样在富集H3K9me3的转座元件上富集并介导逆转座子沉默和维持mESC特征。Ythdc1可能作为Mettl3的重要向导，促进其与染色质、Setdb1和Trim28的相互作用，进而调节H3K9me3在IAP元件处的富集。这意味着m6A、H3K9me3与异染色质的形成密切关联。

此外，一些MSR可以被RNA聚合酶II转录，生成异染色质RNA（hetRNA）。这些hetRNA可以形成RNA：DNA双链，帮助保留HP1和Suv39h，而HP1和Suv39h均与H3K9me3紧密相关。MSR RNA上包含的“RRACH”基序则是体外METTL3/METTL14复合体的结合首选。在Mettl3/Mettl14敲除的mESC中，MSR RNA上m6A水平降低、形成的RNA：DNA杂链减少、染色质关联受损。这表明m6A、H3K9me3调节染色质结构。

图2  METTL3介导的m6A、H3K9me3与异染色质

2）m6A与H3K27ac

当m6A发生在编码组蛋白修饰蛋白的RNA上时，RNA修饰会与组蛋白修饰产生串扰。例如，NSCs中m6A通过影响编码组蛋白乙酰转移酶P300/CBP的RNA的稳定性来调节基因的表达。Mettl14f/f nes-cre小鼠中，CBP和P300上m6A丰度较低，表达增加，并且H3K27ac水平显著上调。这说明m6A可以影响组蛋白修饰调节因子的表达，并可能进一步改变染色质构象。

图3  编码组蛋白修饰酶的RNA上m6A与染色质可及性

3）m6A与H3K27me3

YTHDF2的缺失导致组蛋白去甲基化酶KDM6B转录本的稳定性增强，KDM6B翻译增加并降低炎症细胞因子（如IL6、IL12B和ICAM1）上H3K27me3水平，进而增加炎症细胞因子的转录。作者推测m6A与H3K27me3之间的串扰是调节炎症基因表达的关键检查点。在HKST处理的THP-1细胞中，m6A peak主要富集在H3K27me3稀疏的区域。KDM6B抑制剂GSK-J4也降低整体m6A水平。此外，HA-KDM6B与 FLAG-METTL3和FLAG-METTL14的免疫共沉淀暗示KDM6B可能作为m6A安装的向导。事实上，GSK-J4处理的细胞显示METTL14在KDM6B位点处结合受损，形成通过调节KDM6B的稳定性来调节H3K27me3水平的负反馈环。综上所述，KDM6B介导的H3K27me3去甲基化对于m6A甲基转移酶复合体METTL3/METTL14的共转录招募至关重要。

4)m6A与H3K9me2

METTL3/METTL14同样可以调节抑制性组蛋白标记H3K9me2。METTL3或METTL14的缺失会增加H3K9me2的整体水平，并且通过诱导野生型METTL3而非丧失催化活性的METTL3D395A的表达可以逆转。敲低Ythdc1导致KDM3B与染色质的结合减少，而借助dPspCas13b-YTHDC1可以增加局部KDM3B丰度并降低H3K9me2水平。总体而言，通过YTHDC1，m6A可以以共转录方式招募组蛋白修饰酶KDM3B介导H3K9me2去甲基化，实现RNA修饰与组蛋白修饰串扰

图4  m6A与组蛋白修饰调节因子

1. m6A与H3K36me3

H3K36me3是一种转录延伸标记物，主要在编码区和3'末端附近富集，被证明可以引导m6A沉积。在各种正常和肿瘤细胞中，SETD2（H3K36的组蛋白甲基转移酶）与m6A writers METTL3、METTL14和WTAP的表达呈正相关。敲低SETD2或过表达组蛋白去甲基化酶KDM4A会显著降低整体m6A水平。利用dCas9-KDM4A靶向MYC的CRD区（富集H3K36me3），导致H3K36me3和m6A水平显著降低。而将dCas9-SETD2靶向GNG4的gene body区（无H3K36me3），导致H3K36me3和m6A丰度增加。此外，METTL14参与MTC中H3K36me3的识别和结合，将H3K36me3和m6A沉积联系起来。归纳总结，H3K36me3可能引导m6A MTC与延伸转录本的结合并以共转录方式催化新生RNA发生甲基化。

表1  m6A与组蛋白修饰

在以上内容中，我们重点介绍了m6A与组蛋白修饰之间的串扰。不难发现，RNA层面（RNA修饰）和DNA层面（组蛋白修饰）的基因表达调控并不是完全割裂、各自为战的，反而紧密联系，形成共调控反馈机制。

目前，机制研究中越来越强调不同层面基因调控方式的耦合，表观遗传修饰和RNA修饰之间的串扰也正受到越来越多的关注。除了组蛋白修饰外，染色质构象变化、非编码RNA（ncRNA）调控也被归为表观遗传调控的范畴。

以下内容将重点讲解m6A与染色质可及性、非编码RNA调控之间的串扰，并提供3篇表观遗传修饰与RNA修饰串扰的高分文章供大家研究。

m6A与染色质可及性

多种RNA可以与染色质互作，包括启动子相关RNA（paRNA）、增强子RNA（eRNA）和从转座子转录的repeat RNA。这些染色体相关调节RNA（carRNA）被证明有助于基因组组织、转录调控和细胞核亚结构。发生在carRNA上的m6A修饰可以调节局部染色质可及性和下游转录。
mESCs中Mettl3的缺失增强carRNA的稳定性，导致染色质更加开放和转录活跃。CarRNA的低甲基化增强EP300（组蛋白乙酰转移酶）和YY1的募集。此外，RNA甲基化缺失降低carRNA与ARID2（PRC2复合体组分，PRC2调节H3K27me3）的结合。Mettl3敲除后，LINE1元件上m6A丰度改变，并促进染色质可及性的整体提高。利用CRISPR/dCas13b-fused FTO实现位点特异性的RNA去甲基化，证实LINE1 RNA上m6A水平降低，伴随染色质可及性、carRNA丰度和下游转录增强。总而言之，carRNA上的m6A修饰可以调节染色质可及性和下游转录。

图5  carRNA上m6A与染色质可及性

m6A与lncRNA

LncRNA已成为表观遗传机制的关键调节因子，而发生在lncRNA上的m6A修饰可以动态调节基因的表达并进而影响其功能。例如，RBM15/RBM15B通过将METTL3-WTAP复合体招募到XIST，催化m6A发生。随后YTHDC1识别m6A并介导下游转录沉默。

图6  m6A与lncRNA

总而言之，m6A可以充当一个多功能检查点，通过与组蛋白修饰、染色体相关调节RNA、lncRNA串扰，将不同层面的基因表达调控方式耦合，最终实现表观遗传修饰与RNA修饰关联。

高分文献分享

不管是从RNA修饰切入，还是从表观遗传修饰（组蛋白修饰、DNA甲基

化等）切入。随着研究的深入，都可能进入对方的领域，发现彼此间串扰，并从多个层面、共同调节基因的表达。

1）表观遗传修饰与RNA修饰同时研究。通过公共数据库分析，从RNA m6A和DNA 5mC关联切入。作者发现METTL3催化RNA m6A并被FXR1识别。随后，FXR1募集TET1实现DNA去甲基化。最终，导致染色质可及性变化并调控基因转录。

2）先表观遗传修饰，再到RNA修饰。从组蛋白修饰酶抑制剂切入。作者发现LBH589抑制HDAC，并提高眼部黑色素瘤中METTL14上组蛋白乙酰化水平。METTL14激活并催化FAT4上m6A修饰。随后，YTHDF1识别m6A并增强FAT4 mRNA稳定性。最后，FAT4表达上调并抑制肿瘤进展。

3）先RNA修饰，再到表观遗传修饰。从超级增强子RNA（seRNA）上m6A切入。作者发现CFL1作为METTL3辅因子，促进seRNA上m6A修饰发生。YTHDC2识别m6A并招募MLL1，随后以共转录方式促进H3K4me3。最后，具有高水平H3K4me3的超级增强子的染色质可及性增强并促进癌基因转录。

总结

表观遗传调控与表观转录组学近些年来热度居高不下，研究和综述文章呈现爆发式增长，但同质化、套路化问题也逐渐凸显。如何将机制做得深入、具备“创新”和“价值”已成为文章冲击高分的关键。

目前，RNA修饰与其他表观遗传调节因子之间的串扰正受到越来越多的关注。机制研究中也越来越强调多种层面基因调控方式的耦合。

因此，改变单一层面的基因调控研究模式，尽可能挖掘表观遗传修饰（特别是表观基因组学）和RNA修饰之间的关联，从多个层面解析机制，将让我们的研究更具价值，收获也可能更令人“惊叹”！