帅锅不识字-CSDN博客

原创 SV merge 整理

vg的github问答区也有类似现象https://github.com/vgteam/vg/issues/4318 怀疑这个人也用的SURVIVOR。构建泛基因组时候，将每个样本的ins 和del提取出来，就可以不添加–ignore-types了。可能其他类型的变异这个软件有的类型不识别吧。我的变异是用minimap2比对，使用svim-asm haploid 执行的变异检测不知道啥情况。这里的sample_files里面是vcf文件路径，一行一个vcf文件，不使用压缩格式。

2024-12-03 15:57:20 361

原创基因组de novo组装

分以下几个部分：CLR组装HIFI组装ONT组装二、三代数据矫正组装结果评估。

2024-04-03 15:01:08 1344

原创基因组Survey分析

流程图：图片来源：https://www.jianshu.com/p/94da86093843。

2024-04-02 14:41:28 856

原创比较基因组——还是看我的教程吧！

比较基因组

2024-03-21 19:57:58 2703 3

原创 Linux学习笔记——间断持续更新

【代码】Linux学习笔记——间断持续更新。

2024-01-23 20:11:56 453

原创基因组注释——PASA

转自：https://zhuanlan.zhihu.com/p/638714558。将以上保存为pasa.yml。

2023-12-01 13:37:45 1547

原创柱状图展示颜色RGB值

【代码】柱状图展示颜色RGB值。

2023-11-16 13:15:35 304

原创 ukb gwas数据整理

【代码】ukb gwas数据整理。

2023-10-04 08:40:54 1598 3

原创 gwas数据根据eaf Z 和N 求beta和se

https://www.nature.com/articles/s41590-023-01588-w#Sec10

2023-10-01 13:25:40 1054

原创根据GWAS数据估算样本量N和使用千人基因组填充maf的参考文献

https://github.com/GenomicSEM/GenomicSEM/wiki/2.1-Calculating-Sum-of-Effective-Sample-Size-and-Preparing-GWAS-Summary-Statistics

2023-10-01 10:24:42 575

原创提取柱状图RGB

【代码】提取柱状图RGB。

2023-09-18 06:41:31 170

原创 SNP查找MAF代码

【代码】SNP查找MAF代码。

2023-09-06 15:46:07 121

原创 MR分析——剔除与混淆因素相关的SNP

remove_snp

2023-08-03 14:11:21 2666

原创 SNP的rs号和染色体位置信息相互转换

【代码】SNP的rs号和染色体位置信息相互转换。

2023-07-24 15:50:49 4144 7

原创 MR——自动绘图

【代码】MR——自动绘图。

2023-07-22 18:47:12 367

原创 MR循环——忽略502报错

【代码】MR循环——忽略502报错。

2023-07-21 16:39:31 450

原创 R合并多个格式相同的文件

【代码】R合并多个格式相同的文件。

2023-07-21 16:38:28 263

原创 R语言ggplot2——柱形图

【代码】R语言ggplot2——柱形图。

2023-07-18 11:57:08 1462

原创 R语言ggplot2——折线图

【代码】R语言ggplot2——折线图。

2023-07-18 11:14:48 1765

原创 R语言ggplot2——散点图

【代码】R语言ggplot2——散点图。

2023-07-06 20:08:55 1565

原创 R语言学习——绘制热图

【代码】R语言学习——绘制热图。

2023-07-06 19:20:57 1206

原创 R语言学习——韦恩图

【代码】R语言学习——韦恩图。

2023-07-06 17:47:46 1297

原创 R语言学习——3D饼图

【代码】R语言学习——3D饼图。

2023-07-06 16:51:35 1829

原创 R语言学习——小提琴图和箱线图

【代码】R语言学习——小提琴图和箱线图。

2023-07-06 15:50:11 1206

原创 R语言学习——柱形图

【代码】R语言学习——柱形图。

2023-07-06 14:46:54 1164

原创 R语言学习——散点图和折线图

【代码】R语言学习——散点图和折线图。

2023-07-06 12:59:04 1472

原创 R语言学习——主成分分析

【代码】R语言学习——主成分分析。

2023-07-06 09:54:52 950

原创 R语言学习——R聚类

【代码】R语言学习——R聚类。

2023-07-05 21:23:13 563

原创 R语言学习——线性拟合、检查正态分布、秩和检验、百分比检验、卡方检验、方差检验

【代码】R语言学习——线性拟合、检查正态分布、秩和检验、百分比检验、卡方检验、方差检验。

2023-07-05 20:55:17 810

原创 R语言——字符串处理

【代码】R语言——字符串处理。

2023-07-05 17:38:39 1125

原创 R语言学习——数据框

【代码】R语言学习——数据框。

2023-07-05 16:33:48 1059 1

原创 R语言学习——数组和矩阵

【代码】R语言学习——数组和矩阵。

2023-07-05 15:16:37 114

原创 shell脚本读取文件夹下的目录并输出

【代码】shell脚本读取文件夹下的目录并输出。

2023-07-04 14:24:32 403

原创 Linux在文件最后添加一列N，并对这一列赋予特定数值

【代码】Linux在文件最后添加一列N，并对这一列赋予特定数值。

2023-07-02 09:33:02 585

转载无图形界面Linux安装Matlab2020

https://zhuanlan.zhihu.com/p/394298249

2023-07-01 09:22:38 285

原创 linux删除带有NA的行

在此命令中，-v选项用于反转匹配，即只输出不包含匹配项的行。'NA’是要匹配的字符串，该命令将从input_file中读取数据，并将不包含’NA’的行写入output_file中。

2023-06-26 19:39:51 303

原创根据bete和se计算gwas数据中的Z

计算gwas数据中的Z。当beta或者se为NA或者se为0时，输出NA。

2023-06-25 19:48:44 851

原创基于gwas数据提取maf

【代码】基于gwas数据提取maf。

2023-06-25 16:49:51 490

原创孟德尔随机化分析的统计量F和R方

孟德尔随机化MR分析

2023-06-24 19:55:38 9699 2

原创 linux将制表符分隔的文件将outukb-b-6134.txt文件中第一行的ID替换为SNP，ALT替换为A1，REF替换为A2，并将结果保存回原文件。

sed -i ‘1s/variant_id/SNP/’

2023-06-24 19:35:02 248

空空如也

空空如也