孟德尔随机化分析的统计量F和R方

最新推荐文章于 2024-04-20 13:01:49 发布
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里面的【1】参考文献为：Feng, Ruoyang, Mengnan Lu, Jiawen Xu, Feng Zhang, Mingyi Yang, Pan Luo, Ke Xu, and Peng Xu. “Pulmonary Embolism and 529 Human Blood Metabolites: Genetic Correlation and Two-Sample Mendelian Randomization Study.” BMC Genomic Data 23, no. 1 (August 29, 2022): 69. https://doi.org/10.1186/s12863-022-01082-6.

孟德尔随机化F和Rsquare的计算
Cncsgg的博客
10-08 3356
计算R的平方和F统计量 clump和加exposure列名之后 欢迎使用Markdown编辑器 为帮助您在CSDN创作的文章获得更多曝光和关注，我们为您提供了专属福利： 已注册且未在CSDN平台发布过文章的用户，9月1日—9月30日期间发布首篇文章可享大额首篇流量券扶持，且发布首篇文章后30日内，享连续每日流量券扶持； 已注册且未在CSDN平台发布过文章的用户，在8月1日—8月30日期间发布过首篇，可自9月1日起，享连续30天每日流量券扶持；更多福利介绍详见https://mp.csdn.net/mp_b
傻瓜式孟德尔随机化
2303_78448036的博客
10-22 3921
太穷了，只好自己缝缝补补R语言代码了，希望对大家有帮助
3 计算F值
qq_43872123的博客
12-28 756
dat=transform(dat,F=(N-2)*R2/(1-R2)) #计算F检验值。N=dat[1,“samplesize.exposure”] #获取样品的数目。inputFile=“exp_LD.csv” #输入文件。setwd(“*********”) #设置工作目录。(1-eaf.exposure)) #计算R2。Ffilter=10 #F值过滤条件。#根据F值>10进行过滤, 删除弱工具变量。#去除弱工具变量（F检验值）-----
1400种代谢物和肠道微生物与疾病的孟德尔随机化分析来了！！！
最新发布
bioInfo_seeker的博客
04-20 1200
该工具于免疫细胞与疾病的MR类似，也是分了三步进行，话不多说，直接上工具。
孟德尔随机化——踩一个大家都没踩过的坑
珏世佳人的博客
04-20 6552
一路坎坎坷坷搞代码，搞数据，终于到了收割成果的时候。发现为什么我的F值算出来，不同的SNP，F值居然一样。此次研究，我用的前人研究的数据，为Excel。（废话的了，GWAS数据都是前人数据好的么）那么每个SNP的EAF、β、SD都不一样。公式中，一项研究确定了入组SNP后，N和K就是已知常量了。那么公式中的未知的就是。源数据是从前人研究中找来的，也不会有问题。真是有一种经过惊涛骇浪不死，阴沟里翻船的感觉。数据读取是自动化操作的，没有人为干预过程。不同的SNP的F值是否应该一样？那么，问题就出在源头数据上。
孟德尔随机化--研究
wish_to_top的博客
03-31 7321
看了一些孟德尔随机化内容，大概整理一下步骤参考博文：https://mp.weixin.qq.com/s?
今天我们来聊一聊孟德尔随机化
庐州月光的博客
12-21 9008
欢迎关注”生信修炼手册”!在传统的实验设计中，由于种种混杂因素的存在，我们仅仅能够分析变量之间的关联性，最典型的比如GWAS, 对于显著的位点，只能够说明这些位点和性状之间存在关联。对于...
R语言实现多变量孟德尔随机化分析（1）
weixin_49320263的博客
11-19 5414
R语言实现多变量孟德尔随机化分析（1）
全代码分享｜R语言孟德尔随机化怎么做？TwoSampleMR包MR一套标准流程
Senoh的博客
03-04 7496
孟德尔随机化(，MR)是一种利用基因变异作为工具变量来评估暴露与结果之间因果关系的统计方法。它基于这样的原理：基因变异是在出生前就随机分配给个体的，类似于在随机对照试验中随机分配治疗，因此可以帮助区分因果关系和简单相关性。孟德尔随机化通常用于观察性数据，以确定一个特定的生物标志物、行为或其他暴露是否真正地影响了健康结果，而不是仅仅与之相关。通过这种方法，研究者可以减少混杂因素的影响，避免了传统观察性研究中常见的一些偏差。两步法的双样本孟德尔随机化怎么做？2暴露因素+4风险因素+3结果。
学习笔记-孟德尔随机化代码
qq_43872123的博客
09-13 9670
1、暴露数据和结局数据的SNO所对应的效应等位基因不一致（A/G vs. G/A）?1、是否有样本重叠(sample overlapping)？2、一部分暴露-SNP在结局中找不到，怎么办？3、代理SNP（proxies）如何确定。2、结局数据中SNP量是否足够多？孟德尔随机化-----本地数据。4、如果解决异质性？
MRlap:R程序包使用（可能）重叠的样本执行两样本孟德尔随机化（MR）分析
04-23
MRlap是一个R程序包，仅使用GWAS摘要统计信息即可使用（可能）重叠的样本执行两样本孟德尔随机化（MR）分析。 由于暴露和结果样本之间的重叠，使用较弱的工具和获胜者的诅咒，因此MR估算可能会受到不同类型的偏见。 ...
孟德尔随机化F统计量怎么计算？
06-09
孟德尔随机化F统计量用于比较两个或多个样本的方差是否相等，计算公式如下： F = (SSbetween / dfbetween) / (SSwithin / dfwithin) 其中，SSbetween表示组间平方和，dfbetween表示组间自由度，SSwithin表示组内...
TwoSampleMR-R教程 两样本孟德尔随机化（原来真的就是这么简单……）
Timo_CSDN的博客
03-02 3万+
零基础就能做到的非常简单的两样本孟德尔随机化分析
11+孟德尔随机化+GWAS分析
2301_79430545的博客
10-17 444
根据随机效应IVW分析，ADAMTS13对子宫内膜异位症的因果估计仍然具有临界显著性（IVW:OR = 0.45，95%置信区间：0.20-–1.02，P = 0.051），而卵巢子宫内膜异位症的因果估计（IVW:OR = 0.48，95%置信区间：0.13–1.79，P = 0.274）和盆腔腹膜（IVW:OR = 0.32，95%置信区间：0.08–1.32，P = 0.116）向非显著性衰减。相反，基因预测的血浆vWF水平与子宫内膜异位症的风险呈正相关，表明vWF是子宫内膜异位病发展的危险因素。
8+孟德尔随机化+转录组，双样本和多元MR分析。
2301_79430545的博客
08-22 442
此外，多变量COX回归分析表明，SLEscore是乳腺癌患者的独立风险因素（HR 7.1，95%CI 1.50-33.4，p=0.013）（图5D）。其次，使用Cytoscape的Cytuhubba插件计算了前20个中心基因（AURKA、UBE2C、CDC20、PTTG1、CCNB2、MELK、NDC80、CENPF、PRC1、KIF23、TOP2A、RACGAP1、NUSAP1、HMMR、ASPM、KIF15、TTK、DLGAP5、CCNA2和NCAPG）（图4A）。
看完不会来揍我 | 孟德尔随机化（二）—— 代码实操 | 附代码注释 + 结果解读
weixin_43843918的博客
04-15 2万+
最近真的是超超超超超超超级多的小伙伴们在咨询孟德尔随机化相关的问题和课程，意想不到的那种多！那我怎么办嘞！整呗！主打的就是一个宠粉！
TwoSampleMR
onlookerq的博客
03-25 3288
本地ld_clumping和F统计量计算
本周最新文献速递20220522
wendy_milk的博客
05-22 1004
本周最新文献速递20220522 一、精细解读文献 一 文献题目： Single-nucleus chromatin accessibility profiling highlights regulatory mechanisms of coronary artery disease risk 不想看英文题目： 单细胞染色质可及性分析突出了冠状动脉疾病的调节机制 杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1) 研究意义： 冠状动脉疾病 (CAD)是最常见的心血管疾病，由血管壁损伤和.
一起来学孟德尔随机化(Mendelian Randomization)
热门推荐
dege857的博客
06-24 4万+
我们通过TwoSampleMR包把它下载，先使用extract_instruments函数对暴露数据（就是体重BMI的SNP数据）ieu-a-835进行下载，如果是已经下载到电脑里面的数据，我们使用read_exposure_data函数和clump_data函数读取。这三步走完就可以进行MR分析了，代码非常简单。孟德尔随机化（Mendelian randomization，简称MR）是一种基于遗传变异的因果推断方法，其基本原理是利用自然界中的随机分配的基因型对表型的影响来推断生物学因素对疾病的影响。
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