gwas数据根据eaf Z 和N 求beta和se

最新推荐文章于 2023-12-27 11:28:33 发布
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分类专栏： gwas数据处理 文章标签： gwas数据
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专栏目录
R语言孟德尔随机化研究工具包（1）---friendly2MR
weixin_49320263的博客
12-30 1747
R语言孟德尔随机化研究工具包（1）---friendly2MR
一行命令学会全基因组关联分析(GWAS)的meta分析
weixin_34055787的博客
05-23 1696
为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说，如果数据存在群体分层，却不加以控制，那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时，常规手段就是将分层的群体独立分析，最后再做meta分析。 1.如何判断群体是否分层 先用plink计算PCA，具体方法详见链接：GWAS群体分层 (Population stratification)：利用plink对基因型进...
孟德尔随机化--研究
wish_to_top的博客
03-31 6519
看了一些孟德尔随机化内容，大概整理一下步骤参考博文：https://mp.weixin.qq.com/s?
GWAS数据下载详解（3）
weixin_49320263的博客
08-04 3954
GWAS数据下载详解（3）
孟德尔随机化——踩一个大家都没踩过的坑
珏世佳人的博客
04-20 6002
一路坎坎坷坷搞代码，搞数据，终于到了收割成果的时候。发现为什么我的F值算出来，不同的SNP，F值居然一样。此次研究，我用的前人研究的数据，为Excel。（废话的了，GWAS数据都是前人数据好的么）那么每个SNP的EAF、β、SD都不一样。公式中，一项研究确定了入组SNP后，N和K就是已知常量了。那么公式中的未知的就是。源数据是从前人研究中找来的，也不会有问题。真是有一种经过惊涛骇浪不死，阴沟里翻船的感觉。数据读取是自动化操作的，没有人为干预过程。不同的SNP的F值是否应该一样？那么，问题就出在源头数据上。
使用bedtools进行gwas基因注释
邓飞----育种数据分析之放飞自我
10-31 2768
软件github地址：https://github.com/arq5x/bedtools2/比较好的介绍文档：https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/151/总的来说，bedtools实用工具是一把瑞士军刀，用于广泛的基因组学分析任务。最广泛使用的工具支持基因组算法：即基因组集合论。例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（如BAM、BED、GFF/GTF、VCF）从多个文件中交叉、合并、计数、补充和混洗基因组间隔。
GWAS中的effect与数量遗传学中的替换效应
邓飞----育种数据分析之放飞自我
11-08 1864
虽然，我早就知道GWAS分析中的effect值，就是数量遗传学的基因中的替换效应，但是一直没有仔细阅读相关材料。今天通过阅读数量遗传学的教程，理解了这个概念，真好。
R语言实现计算MR工具变量F-staistics(1)
最新发布
weixin_49320263的博客
12-27 803
R语言实现计算MR工具变量F-staistics(1)
笔记 GWAS 操作流程6-2：手动计算GWAS分析中的GLM和Logistic模型
邓飞----育种数据分析之放飞自我
10-15 4002
1. 名词解释 GWAS 全基因组关联分析 手动计算 使用R语言编程GLM模型和Logistic模型，提取Effect和Pvalue GLM 一般线性模型 Logistic 主要分析广义线性模型，Y变量是二分类性状 6-2 这是我的GWAS学习笔记，更新到了6-2 2. GLM模型 ...
根据GWAS数据估算样本量N和使用千人基因组填充maf的参考文献
shuai19970911的博客
10-01 392
https://github.com/GenomicSEM/GenomicSEM/wiki/2.1-Calculating-Sum-of-Effective-Sample-Size-and-Preparing-GWAS-Summary-Statistics
plink的GWAS数据处理作业流程.docx
12-14
plink的GWAS数据处理作业流程 plink是一款广泛应用于GWAS（genome-wide association study，genome-wide association study）数据处理的软件工具。它提供了强大的数据处理功能，包括数据管理、格式转换、数据过滤、...
qqman：一个R包，用于根据GWAS结果创建QQ和曼哈顿图
02-05
QQMan是一款专为R语言设计的包，主要功能是帮助用户根据基因组广泛关联研究（Genome-Wide Association Studies, GWAS）的结果绘制QQ图和曼哈顿图。这两种图形在遗传学研究中非常常见，用于可视化基因变异与表型之间...
生物信息学数据分析 GWAS
04-04
总的来说，生物信息学在GWAS中的作用是将海量的基因组数据转化为有意义的生物学发现，从而为疾病预防、诊断和治疗提供新的见解。随着技术的进步，GWAS研究将继续在揭示人类遗传秘密、推动精准医学发展方面发挥关键...
UK_Biobank_GWAS:2017年英国生物库数据发布的数据质量控制，代码和GWAS摘要输出概述
04-30
从上一轮GWAS的（N = 337199）， 目录 更新 通过重新发布UK Biobank基因型估算（我们称其为impulated-v3），我们为遗传学界生成了一套更新的GWAS摘要统计信息。 应用UKB31063和addtl增加了表型的数量。 自定义策展...
GWA_tutorial：关于GWAS和PRS的综合教程
02-05
GWAS（全基因组关联研究，Genome-Wide Association Study）和PRS（多基因风险评分，Polygenic Risk Score）是现代遗传学中的两种关键方法，用于探索基因与复杂疾病之间的关联。本教程“GWA_tutorial”将深入探讨这两...
基于gwas数据提取maf
shuai19970911的博客
06-25 378
【代码】基于gwas数据提取maf。
GWAS数据下载详解（1）
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weixin_49320263的博客
06-23 1万+
介绍常用GWAS数据库
统计遗传学：第四章，GWAS分析
邓飞----育种数据分析之放飞自我
08-04 3902
大家好，我是飞哥。前几天推荐了这本书，可以领取pdf和配套数据代码。这里，我将各个章节介绍一下，总结也是学习的过程。引文部分是原书的谷歌翻译，正文部分是我的理解。第一章：基因组基础概念（这部分介绍过了，点击进入）第二章：统计分析概念第三章：群体遗传学第四章：GWAS分析介绍第五章：多基因效应第六章：基因与环境互作随着基因分型技术的发展、成本的降低和先进数据分析方法的发展，遗传关联研究的设计在过去几十年中发生了巨大的变化。...
GWAS ATLAS:最全面的GWAS数据库
庐州月光的博客
11-24 6329
欢迎关注”生信修炼手册”!GWAS ATLAS数据库收录了来自4756个人类不同表型的GWAS结果，并进行了不同表型间的遗传相关性分析，对应的文献发表在nature genetics上，...
R语言实现整理GWAS数据
07-25
在R语言中，您可以使用各种包和工具来整理和处理GWAS数据。以下是一个基本的整理GWAS数据的步骤示例： 1. 导入所需的R包：首先，您需要导入一些用于处理数据的R包，例如`dplyr`和`tidyr`。 ```R library(dplyr) library(tidyr) ``` 2. 读取GWAS数据：使用适当的函数（例如`read.table()`或`read.csv()`）读取GWAS数据文件，并将其存储为一个数据框。 ```R gwas_data <- read.table("path/to/gwas_data.txt", header = TRUE, sep = "\t") ``` 请注意，上述代码中的文件路径应替换为实际的GWAS数据文件路径，并根据数据文件的格式进行修改。 3. 数据清洗和整理：根据您的需求，您可能需要进行一些数据清洗和整理操作。例如，删除不需要的列、处理缺失值、转换数据类型等。 ```R # 删除不需要的列 gwas_data <- gwas_data %>% select(SNP, p_value, effect_size) # 处理缺失值（示例：用平均值填充） gwas_data$effect_size[is.na(gwas_data$effect_size)] <- mean(gwas_data$effect_size, na.rm = TRUE) # 转换数据类型（示例：将p_value转换为对数） gwas_data$p_value <- -log10(gwas_data$p_value) ``` 根据您的具体需求，您可能需要进行更多的数据清洗和整理操作。 4. 数据分析和可视化：一旦数据整理完成，您可以使用各种分析和可视化技术来探索和呈现GWAS数据。例如，您可以计算和绘制Manhattan图、进行基因注释等。 ```R # 绘制Manhattan图 library(ggplot2) ggplot(gwas_data, aes(x = SNP, y = p_value)) + geom_point() + scale_x_discrete(labels = function(x) gsub("_", "\n", x)) + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) ``` 请注意，上述代码中的绘图示例仅供参考，您可能需要根据自己的数据和需求进行适当的修改。 这只是一个简单的示例，您可以根据自己的需求和具体的GWAS数据格式进行更复杂的数据整理和分析操作。如果您有特定的问题或需求，请提供更多细节，我将尽力帮助您。
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