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原创 基因组de novo组装

分以下几个部分:CLR组装HIFI组装ONT组装二、三代数据矫正组装结果评估。

2024-04-03 15:01:08 759

原创 基因组Survey分析

流程图:图片来源:https://www.jianshu.com/p/94da86093843。

2024-04-02 14:41:28 347

原创 比较基因组——还是看我的教程吧!

比较基因组

2024-03-21 19:57:58 1163

原创 Linux学习笔记——间断持续更新

【代码】Linux学习笔记——间断持续更新。

2024-01-23 20:11:56 380

原创 基因组注释——PASA

转自:https://zhuanlan.zhihu.com/p/638714558。将以上保存为pasa.yml。

2023-12-01 13:37:45 593

原创 柱状图展示颜色RGB值

【代码】柱状图展示颜色RGB值。

2023-11-16 13:15:35 189

原创 ukb gwas数据整理

【代码】ukb gwas数据整理。

2023-10-04 08:40:54 993 3

原创 gwas数据根据eaf Z 和N 求beta和se

https://www.nature.com/articles/s41590-023-01588-w#Sec10

2023-10-01 13:25:40 529

原创 根据GWAS数据估算样本量N和使用千人基因组填充maf的参考文献

https://github.com/GenomicSEM/GenomicSEM/wiki/2.1-Calculating-Sum-of-Effective-Sample-Size-and-Preparing-GWAS-Summary-Statistics

2023-10-01 10:24:42 313

原创 提取柱状图RGB

【代码】提取柱状图RGB。

2023-09-18 06:41:31 100

原创 SNP查找MAF代码

【代码】SNP查找MAF代码。

2023-09-06 15:46:07 60

原创 MR分析——剔除与混淆因素相关的SNP

remove_snp

2023-08-03 14:11:21 1841

原创 SNP的rs号和染色体位置信息相互转换

【代码】SNP的rs号和染色体位置信息相互转换。

2023-07-24 15:50:49 2710 7

原创 MR——自动绘图

【代码】MR——自动绘图。

2023-07-22 18:47:12 238

原创 MR循环——忽略502报错

【代码】MR循环——忽略502报错。

2023-07-21 16:39:31 294

原创 R合并多个格式相同的文件

【代码】R合并多个格式相同的文件。

2023-07-21 16:38:28 167

原创 R语言ggplot2——柱形图

【代码】R语言ggplot2——柱形图。

2023-07-18 11:57:08 1342

原创 R语言ggplot2——折线图

【代码】R语言ggplot2——折线图。

2023-07-18 11:14:48 1611

原创 R语言ggplot2——散点图

【代码】R语言ggplot2——散点图。

2023-07-06 20:08:55 1413

原创 R语言学习——绘制热图

【代码】R语言学习——绘制热图。

2023-07-06 19:20:57 1126

原创 R语言学习——韦恩图

【代码】R语言学习——韦恩图。

2023-07-06 17:47:46 1235

原创 R语言学习——3D饼图

【代码】R语言学习——3D饼图。

2023-07-06 16:51:35 1513

原创 R语言学习——小提琴图和箱线图

【代码】R语言学习——小提琴图和箱线图。

2023-07-06 15:50:11 1072

原创 R语言学习——柱形图

【代码】R语言学习——柱形图。

2023-07-06 14:46:54 934

原创 R语言学习——散点图和折线图

【代码】R语言学习——散点图和折线图。

2023-07-06 12:59:04 1241

原创 R语言学习——主成分分析

【代码】R语言学习——主成分分析。

2023-07-06 09:54:52 901

原创 R语言学习——R聚类

【代码】R语言学习——R聚类。

2023-07-05 21:23:13 488

原创 R语言学习——线性拟合、检查正态分布、秩和检验、百分比检验、卡方检验、方差检验

【代码】R语言学习——线性拟合、检查正态分布、秩和检验、百分比检验、卡方检验、方差检验。

2023-07-05 20:55:17 682

原创 R语言——字符串处理

【代码】R语言——字符串处理。

2023-07-05 17:38:39 1064

原创 R语言学习——数据框

【代码】R语言学习——数据框。

2023-07-05 16:33:48 919

原创 R语言学习——数组和矩阵

【代码】R语言学习——数组和矩阵。

2023-07-05 15:16:37 88

原创 shell脚本读取文件夹下的目录并输出

【代码】shell脚本读取文件夹下的目录并输出。

2023-07-04 14:24:32 295

原创 Linux在文件最后添加一列N,并对这一列赋予特定数值

【代码】Linux在文件最后添加一列N,并对这一列赋予特定数值。

2023-07-02 09:33:02 440

转载 无图形界面Linux安装Matlab2020

https://zhuanlan.zhihu.com/p/394298249

2023-07-01 09:22:38 216

原创 linux删除带有NA的行

在此命令中,-v选项用于反转匹配,即只输出不包含匹配项的行。'NA’是要匹配的字符串,该命令将从input_file中读取数据,并将不包含’NA’的行写入output_file中。

2023-06-26 19:39:51 204

原创 根据bete和se计算gwas数据中的Z

计算gwas数据中的Z。当beta或者se为NA或者se为0时,输出NA。

2023-06-25 19:48:44 491

原创 基于gwas数据提取maf

【代码】基于gwas数据提取maf。

2023-06-25 16:49:51 349

原创 孟德尔随机化分析的统计量F和R方

孟德尔随机化MR分析

2023-06-24 19:55:38 5288 1

原创 linux将制表符分隔的文件将outukb-b-6134.txt文件中第一行的ID替换为SNP,ALT替换为A1,REF替换为A2,并将结果保存回原文件。

sed -i ‘1s/variant_id/SNP/’

2023-06-24 19:35:02 198

原创 孟德尔随机化分析流程

【代码】孟德尔随机化分析流程。

2023-06-23 10:30:07 1360 1

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