如何使用Anaconda

Anaconda

Anaconda 能让你轻松安装在数据科学工作中经常使用的包。你还将使用它创建虚拟环境,以便更轻松地处理多个项目。Anaconda 简化了我的工作流程,并且解决了我在处理包和多个 Python 版本时遇到的大量问题。

Anaconda 实际上是一个软件发行版,它附带了 conda、Python 和 150 多个科学包及其依赖项。应用程序 conda 是包和环境管理器。Anaconda 的下载文件比较大(约 500 MB),因为它附带了 Python 中最常用的数据科学包。

conda 是一种只能通过命令行来使用的程序。conda 与 pip 相似,不同之处是可用的包以数据科学包为主,而 pip 适合一般用途。但是,conda 并非像 pip 那样专门适用于 Python,它也可以安装非 Python 的包。它是适用于任何软件堆栈的包管理器。也就是说,并非所有的 Python 库都能通过 Anaconda 发行版和 conda 获得。在使用 conda 的同时,你仍可以并且仍将使用 pip 来安装包。

Conda 安装了预编译的包。例如,Anaconda 发行版附带了使用 MKL 库编译的 Numpy、Scipy 和 Scikit-learn,从而加快了各种数学运算的速度。这些包由发行版的贡献者维护,这意味着它们通常滞后于新版本。但是,由于有人需要为许多系统构建这些包,因此,它们往往更为稳定,而且更便于你使用。

除了管理包之外,conda 还是虚拟环境管理器。它类似于另外两个很流行的环境管理器,即 virtualenvpyenv

环境能让你分隔你要用于不同项目的包。你常常要使用依赖于某个库的不同版本的代码。例如,你的代码可能使用了 Numpy 中的新功能,或者使用了已删除的旧功能。实际上,不可能同时安装两个 Numpy 版本。你要做的应该是,为每个 Numpy 版本创建一个环境,然后在适用于项目的环境中工作。

安装 Anaconda

Anaconda 可用于 Windows、Mac OS X 和 Linux。可以在 https://docs.anaconda.com/anaconda/install/ 上找到安装程序和安装说明。

此外,和我一样使用 Ubuntu 的朋友参考这两篇优秀的文章:How To Install the Anaconda Python Distribution on Ubuntu 16.04How to Install Anaconda on Ubuntu 18.04

完成安装后,会自动进入默认的 conda 环境,而且所有包均已安装完毕,如下面所示。可以在终端或命令提示符中键入 conda list,以查看你安装的内容。

conda list

初次安装下的软件包版本一般都比较老旧,因此提前更新可以避免未来不必要的问题,初次安装可以键入以下命令更新所有的软件包:

conda upgrade –all

Anaconda 可以使用命令行的方式使用,也可以使用 GUI,下面将介绍用命令行的方式使用。

conda 切换为国内源

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conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --set show_channel_urls yes
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channels:
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults
show_channel_urls: true

关于停止Anaconda镜像服务的通知

管理包

安装了 Anaconda 之后,管理包是相当简单的。要安装包,请在终端中键入 conda install package_name。例如,要安装 numpy,请键入 conda install numpy

你还可以同时安装多个包。类似 conda install numpy scipy pandas 的命令会同时安装所有这些包。还可以通过添加版本号(例如 conda install numpy=1.10)来指定所需的包版本。

Conda 还会自动为你安装依赖项。例如,scipy 依赖于 numpy,因为它使用并需要 numpy。如果你只安装 scipy (conda install scipy),则 conda 还会安装 numpy(如果尚未安装的话)。

大多数命令都是很直观的。要卸载包,请使用 conda remove package_name。要更新包,请使用 conda update package_name。如果想更新环境中的所有包(这样做常常很有用),请使用 conda update --all。最后,要列出已安装的包,请使用前面提过的 conda list

如果不知道要找的包的确切名称,可以尝试使用 conda search search_term 进行搜索。例如,我知道我想安装 Beautiful Soup,但我不清楚确切的包名称。因此,我尝试执行 conda search beautifulsoup

它返回可用的 Beautiful Soup 包的列表,并列出了相应的包名称 beautifulsoup4

管理环境

列出环境

可以使用 conda env list 列出你创建的所有环境。你会看到环境的列表,而且你当前所在环境的旁边会有一个星号。默认的环境名为 root

创建环境

如前所述,conda 是虚拟环境管理器,可以使用 conda 创建环境以隔离项目。

要创建环境,请在终端中使用 conda create -n env_name list of packages。在这里,-n env_name 设置环境的名称(-n 是指名称),而 list of packages 是要安装在环境中的包的列表。例如,要创建名为 my_env 的环境并在其中安装 numpy,请键入 conda create -n my_env numpy

创建环境时,可以指定要安装在环境中的 Python 版本。这在你同时使用 Python 2.x 和 Python 3.x 中的代码时很有用。要创建具有特定 Python 版本的环境,请键入类似于 conda create -n py3 python=3conda create -n py2 python=2 的命令。实际上,我在我的个人计算机上创建了这两个环境。我将它们用作与任何特定项目均无关的通用环境,以处理普通的工作(可轻松使用每个 Python 版本)。这些命令将分别安装 Python 3 和 2 的最新版本。要安装特定版本(例如 Python 3.3),请使用 conda create -n py python=3.3

进入环境

创建了环境后,在 OSX/Linux 上使用 source activate my_env 进入环境。在 Windows 上,请使用 activate my_env

进入环境后,你会在终端提示符中看到环境名称,它类似于 (my_env) ~ $。环境中只安装了几个默认的包,以及你在创建它时安装的包。可以使用 conda list 检查这一点。在环境中安装包的命令与前面一样:conda install package_name。不过,这次你安装的特定包仅在你进入环境后才可用。要离开环境,请键入 source deactivate(在 OSX/Linux 上)。在 Windows 上,请使用 deactivate

保存和加载环境

共享环境这项功能确实很有用,它能让其他人安装你的代码中使用的所有包,并确保这些包的版本正确。可以使用 conda env export > environment.yaml 将包保存为 YAML。第一部分 conda env export 输出环境中的所有包的名称(包括 Python 版本)。

上图可以看到列出了环境的名称和所有依赖项及其版本。导出命令的第二部分 > environment.yaml 将导出的文本写入到 YAML 文件 environment.yaml 中。现在可以共享此文件,而且其他人能够创建和你用于项目相同的环境。

要通过环境文件创建环境,请使用 conda env create -f environment.yaml。这会创建一个新环境,而且它具有在 environment.yaml 中列出的同样的库。

删除环境

如果你不再使用某些环境,可以使用 conda env remove -n env_name 删除指定的环境(在这里名为 env_name)。

最佳实践

使用环境

对我帮助很大的一点是,我的 Python 2 和 Python 3 具有独立的环境。我使用了 conda create -n py2 python=2conda create -n py3 python=3 创建两个独立的环境,即 py2py3。现在,我的每个 Python 版本都有一个通用环境。在所有这些环境中,我都安装了大多数标准的数据科学包(numpy、scipy、pandas 等)。

我还发现,为我从事的每个项目创建环境很有用。这对于与数据不相关的项目(例如使用 Flask 开发的 Web 应用)也很有用

共享环境

在 GitHub 上共享代码时,最好同样创建环境文件并将其包括在代码库中。这能让其他人更轻松地安装你的代码的所有依赖项。对于不使用 conda 的人,我通常还会使用 pip freeze在此处了解详情)将一个 pip requirements.txt 文件包括在内。

了解更多信息

要详细了解 conda 和它如何融入到 Python 生态系统中,请查看这篇由 Jake Vanderplas 撰写的文章:Conda myths and misconceptions(有关 conda 的迷思和误解)。此外,有空也可以参考这篇 conda 文档

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