trim-galore使用显示无权限(自用)

在使用TrimGalore时遇到权限错误,报错'Cannot utime: Operation not permitted'。问题根源在于文件路径错误,文件实际位于当前目录下的fastq.data子目录。通过切换到正确目录,成功运行trim_galore命令,解决了问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成
(cpdb) longxutang@LAPTOP-5FM1PF18:/mnt/d/DOI/machine learning/huage_info_RNA-seq$ tar xvzf trim_galore.tar.gz

报错:
TrimGalore-0.6.6/
TrimGalore-0.6.6/.travis.yml
tar: TrimGalore-0.6.6/.travis.yml: Cannot utime: Operation not permitted
TrimGalore-0.6.6/Changelog.md
tar: TrimGalore-0.6.6/Changelog.md: Cannot utime: Operation not permitted
TrimGalore-0.6.6/Docs/
TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/
TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/Thumbs.db
tar: TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/Thumbs.db: Cannot utime: Operation not permitted
TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/adapters.png
tar: TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/adapters.png: Cannot utime: Operation not permitted
TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/adapters_fixed.png
tar: TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/adapters_fixed.png: Cannot utime: Operation not permitted
TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/fixed_quals.png
tar: TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/fixed_quals.png: Cannot utime: Operation not permitted
TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/fixed_quals_per_sequence.png
tar: TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/fixed_quals_per_sequence.png: Cannot utime: Operation not permitted
TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/logo.png
tar: TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/logo.png: Cannot utime: Operation not permitted
TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/pigz_bench.png
tar: TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/pigz_bench.png: Cannot utime: Operation not permitted
TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/poor_q_per_sequence.png
tar: TrimGalore-0.6.6/Docs/Images/poor_q_per_sequence.png: Cannot utime: Operation not permitted

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### 回答1: Trim Galore!是一款用于剪切低质量序列(如基因组测序序列)的软件,它可以快速和精确地移除低质量条带和低质量核苷酸,从而提高序列的整体质量。Ubuntu上的使用方法是首先安装Trim Galore!,然后在终端中运行以下命令:trim_galore --fastqc <输入序列文件>。 ### 回答2: trim_galore是一个用于对Illumina测序数据进行矫正和修饰的工具,它可以在Ubuntu操作系统中使用使用trim_galore进行数据修剪的基本步骤如下: 首先,确保已经安装了trim_galore软件包。可以使用命令行输入以下命令进行安装: ``` sudo apt-get install cutadapt sudo apt-get install trim-galore ``` 安装完成后,可以使用以下命令行参数来运行trim_galore: ``` trim_galore [options] <input_file(s)> ``` 其中,input_file为需要进行修剪的文件路径。可以通过指定多个文件进行批量修剪。 接下来,可以根据需求选取合适的参数来进行修剪。常见的一些参数包括: - --quality:指定质量阈值,低于该阈值的基因片段将被修剪。 - --length:指定修剪后的基因片段长度阈值。 - --paired:用于配对的测序数据。 - --output_dir:指定输出目录。 - --no_report_file:不生成修剪报告文件。 例如,可以使用以下命令行参数来修剪一个单端测序文件: ``` trim_galore --quality 20 --length 36 --output_dir trimmed_data input.fastq.gz ``` 这个命令将会对input.fastq.gz文件进行修剪,质量阈值为20,修剪后的基因片段长度阈值为36,并将修剪结果保存在一个名为trimmed_data的目录中。 修剪完成后,可以使用修剪后的数据来进行后续的分析,例如组装、比对等等。 ### 回答3: trim_galore是一个用于处理测序数据的工具,通常用于去除测序数据的低质量序列和适配器序列。 使用trim_galore的步骤如下: 1. 安装trim_galore: 首先需要在Ubuntu系统中安装trim_galore。可以通过在终端中运行以下命令来安装trim_galore:sudo apt-get install trim-galore。 2. 准备测序数据: 在使用trim_galore之前,需要将测序数据准备好。可以将测序数据放在一个文件夹中,例如称为"raw_data"。 3. 执行trim_galore: 打开终端,并使用cd命令进入包含测序数据的文件夹,例如cd raw_data。 4. 运行trim_galore: 在终端中运行以下命令来运行trim_galore:trim_galore input_file.fastq。 其中,input_file.fastq是输入的测序文件名,可以是.fastq或.gz格式。trim_galore将自动检测输入文件的格式。 5. 查看输出结果: trim_galore会在运行完后在当前文件夹中生成一个新的文件,该文件包含经过去除低质量序列和适配器序列的数据。可以使用cat命令来查看该文件的内容,例如cat input_file_trimmed.fq。 以上就是使用trim_galore的基本步骤。根据需要,也可以在运行trim_galore时添加各种选项和参数来进行更复杂的数据处理,如指定质量阈值、指定适配器序列等。详细的使用方法和选项可以通过运行trim_galore --help命令来查看。
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