scikit-learn中PCA的使用方法

@author：wepon

@blog：http://blog.csdn.net/u012162613/article/details/42192293

在前一篇文章 主成分分析(PCA) 中，我基于python和numpy实现了PCA算法，主要是为了加深对算法的理解，算法的实现很粗糙，实际应用中我们一般调用成熟的包，本文就结束scikit-learn中PCA使用的方法和需要注意的细节，参考：sklearn.decomposition.PCA

1、函数原型及参数说明

[python]  view plain  copy

1. sklearn.decomposition.PCA(n_components=None, copy=True, whiten=False)  

参数说明：

n_components:  

意义：PCA算法中所要保留的主成分个数n，也即保留下来的特征个数n

类型：int 或者 string，缺省时默认为None，所有成分被保留。

          赋值为int，比如n_components=1，将把原始数据降到一个维度。

          赋值为string，比如n_components='mle'，将自动选取特征个数n，使得满足所要求的方差百分比。

copy:

类型：bool，True或者False，缺省时默认为True。

意义：表示是否在运行算法时，将原始训练数据复制一份。若为True，则运行PCA算法后，原始训练数据的值不            会有任何改变，因为是在原始数据的副本上进行运算；若为False，则运行PCA算法后，原始训练数据的              值会改，因为是在原始数据上进行降维计算。

whiten:

类型：bool，缺省时默认为False

意义：白化，使得每个特征具有相同的方差。关于“白化”，可参考：Ufldl教程

2、PCA对象的属性

components_ ：返回具有最大方差的成分。

explained_variance_ratio_：返回 所保留的n个成分各自的方差百分比。

n_components_：返回所保留的成分个数n。

mean_：

noise_variance_：

3、PCA对象的方法

• fit(X,y=None)

fit()可以说是scikit-learn中通用的方法，每个需要训练的算法都会有fit()方法，它其实就是算法中的“训练”这一步骤。因为PCA是无监督学习算法，此处y自然等于None。

fit(X)，表示用数据X来训练PCA模型。

函数返回值：调用fit方法的对象本身。比如pca.fit(X)，表示用X对pca这个对象进行训练。

• fit_transform(X)

用X来训练PCA模型，同时返回降维后的数据。

newX=pca.fit_transform(X)，newX就是降维后的数据。

• inverse_transform()

将降维后的数据转换成原始数据，X=pca.inverse_transform(newX)

• transform(X)

将数据X转换成降维后的数据。当模型训练好后，对于新输入的数据，都可以用transform方法来降维。

此外，还有get_covariance()、get_precision()、get_params(deep=True)、score(X, y=None)等方法，以后用到再补充吧。

4、example

以一组二维的数据data为例，data如下，一共12个样本（x,y），其实就是分布在直线y=x上的点，并且聚集在x=1、2、3、4上，各3个。

[python]  view plain  copy

1. >>> data  
2. array([[ 1.  ,  1.  ],  
3.        [ 0.9 ,  0.95],  
4.        [ 1.01,  1.03],  
5.        [ 2.  ,  2.  ],  
6.        [ 2.03,  2.06],  
7.        [ 1.98,  1.89],  
8.        [ 3.  ,  3.  ],  
9.        [ 3.03,  3.05],  
10.        [ 2.89,  3.1 ],  
11.        [ 4.  ,  4.  ],  
12.        [ 4.06,  4.02],  
13.        [ 3.97,  4.01]])  

data这组数据，有两个特征，因为两个特征是近似相等的，所以用一个特征就能表示了，即可以降到一维。下面就来看看怎么用sklearn中的PCA算法包。

（1）n_components设置为1，copy默认为True，可以看到原始数据data并未改变，newData是一维的，并且明显地将原始数据分成了四类。

[python]  view plain  copy

1. >>> from sklearn.decomposition import PCA   
2. >>> pca=PCA(n_components=1)  
3. >>> newData=pca.fit_transform(data)  
4. >>> newData  
5. array([[-2.12015916],  
6.        [-2.22617682],  
7.        [-2.09185561],  
8.        [-0.70594692],  
9.        [-0.64227841],  
10.        [-0.79795758],  
11.        [ 0.70826533],  
12.        [ 0.76485312],  
13.        [ 0.70139695],  
14.        [ 2.12247757],  
15.        [ 2.17900746],  
16.        [ 2.10837406]])  
17. >>> data  
18. array([[ 1.  ,  1.  ],  
19.        [ 0.9 ,  0.95],  
20.        [ 1.01,  1.03],  
21.        [ 2.  ,  2.  ],  
22.        [ 2.03,  2.06],  
23.        [ 1.98,  1.89],  
24.        [ 3.  ,  3.  ],  
25.        [ 3.03,  3.05],  
26.        [ 2.89,  3.1 ],  
27.        [ 4.  ,  4.  ],  
28.        [ 4.06,  4.02],  
29.        [ 3.97,  4.01]])  

（ 2）将copy设置为False，原始数据data将发生改变。

[python]  view plain  copy

1. >>> pca=PCA(n_components=1,copy=False)  
2. >>> newData=pca.fit_transform(data)  
3. >>> data  
4. array([[-1.48916667, -1.50916667],  
5.        [-1.58916667, -1.55916667],  
6.        [-1.47916667, -1.47916667],  
7.        [-0.48916667, -0.50916667],  
8.        [-0.45916667, -0.44916667],  
9.        [-0.50916667, -0.61916667],  
10.        [ 0.51083333,  0.49083333],  
11.        [ 0.54083333,  0.54083333],  
12.        [ 0.40083333,  0.59083333],  
13.        [ 1.51083333,  1.49083333],  
14.        [ 1.57083333,  1.51083333],  
15.        [ 1.48083333,  1.50083333]])  

（3）n_components设置为'mle'，看看效果，自动降到了1维。

[python]  view plain  copy

1. >>> pca=PCA(n_components='mle')  
2. >>> newData=pca.fit_transform(data)  
3. >>> newData  
4. array([[-2.12015916],  
5.        [-2.22617682],  
6.        [-2.09185561],  
7.        [-0.70594692],  
8.        [-0.64227841],  
9.        [-0.79795758],  
10.        [ 0.70826533],  
11.        [ 0.76485312],  
12.        [ 0.70139695],  
13.        [ 2.12247757],  
14.        [ 2.17900746],  
15.        [ 2.10837406]])  

（4）对象的属性值

[python]  view plain  copy

1. >>> pca.n_components  
2. 1  
3. >>> pca.explained_variance_ratio_  
4. array([ 0.99910873])  
5. >>> pca.explained_variance_  
6. array([ 2.55427003])  
7. >>> pca.get_params  
8. <bound method PCA.get_params of PCA(copy=True, n_components=1, whiten=False)>  

我们所训练的pca对象的n_components值为1，即保留1个特征，该特征的方差为2.55427003， 占所有特征的方差百分比为0.99910873，意味着几乎保留了所有的信息。get_params返回各个参数的值。

（5）对象的方法

[python]  view plain  copy

1. >>> newA=pca.transform(A)  

对新的数据A，用已训练好的pca模型进行降维。

[python]  view plain  copy

1. >>> pca.set_params(copy=False)  
2. PCA(copy=False, n_components=1, whiten=False)  

设置参数。