3 Workflow参数

流水线参数

前面提到的Nextflow wc.nf 脚本定义了一个管道参数 params.input。管道参数允许在运行时通过命令行或配置文件更改工作流的输入，因此它们不会硬编码到脚本中。

流水线参数是以前缀params.来声明的，如params.input。
它们的值可以在命令行上通过在参数名前面加一个双破折号来指定，例如 --input。
在前面的例子中，想要处理其他的文件，可以使用如下命令：

nextflow run wc.nf --input ‘data/yeast/reads/ref2_2.fq.gz’

我们还可以使用通配符来指定多个输入文件。在下面的示例中，我们使用 * 来匹配 ref2_ 和.fq.gz之间的任何字符序列。注意: 如果在命令行中使用通配符，则必须将值用引号括起来。

nextflow run wc.nf --input ‘data/yeast/reads/ref2_*.fq.gz’

增加参数到脚本

我们可以增加一个sleep参数到wc.nf脚本中: params.sleep = 2。
修改脚本如下：

script:
 """
 sleep ${params.sleep}
 printf '${read} '
 gunzip -c ${read} | wc -l
 """

我们现在可以从命令行更改 sleep 参数，例如:

nextflow run wc-params.nf --sleep 10

参数文件

如果有很多参数要传递给脚本，那么最好创建一个参数文件。参数以 JSON 或 YAML 格式存储。
params-file 选项用于将参数文件传递给脚本。
例如，文件 wc-params. json 包含参数 sleep 和 input。

{
  "sleep": 5,
  "input": "data/yeast/reads/etoh60_1*.fq.gz"
}

要使用这些参数运行 wc-params.nf 脚本，我们添加选项-params-file 并传递文件 wc-params.json:

nextflow run wc-params.nf -params-file wc-params.json

总结

• 流水线参数是通过将前缀params作为变量名前缀(由点.分隔)来指定的。
• 要在命令行为 Nextflow 运行指定管道参数，请使用 --variable_name 语法。
• 可以将参数添加到 JSON 或 YAML 格式的文件中，并使用 -params-file 将它们传递给脚本。