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RSS订阅原创 scATAC-seq 细胞（based scRNA-seq）注释
1. 首先根据scRNA-seq找到细胞类群的marker 基因；比如下面三大类群细胞（虚线圈起来的）；比如：Myeloid cell： 20 个marker 基因。2. 根据scATAC-seq 计算细胞之间的相似度；按照peak 开放性；tSNE图，先根据开放性peak，对所有细胞进行聚类分析；然后随机挑取一个细胞（Myeloid，Maker 基因promoter开放），根据开放性，计算其他所有细胞和这个细胞的相似性，并在图中用 "point" 大小表明。紧接着保留相似性最高的n
2021-07-06 15:19:41
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原创 TSNE and UMAP 降维可视化工具
什么是TSNE：也就是T分布和随机近邻嵌入（Stochastic neighbour Embedding ）。UMAP与tSNE的区别：https://mp.weixin.qq.com/s/qkbc1vz-ERHzGp8gfLiVsg；https://www.jianshu.com/p/3f3843d494d1?from=singlemessage；http://www.360doc.com/content/20/1202/11/72648576_949070247.shtml；...
2021-07-02 15:55:10
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原创 单细胞10X genomcis 数据（seurat）统计方法；单细胞分析_统计_筛选单细胞里面表达变异度最高的基因
Find variable featurespbmcX <- FindVariableFeatures(pbmcX, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)vst: First, fits a line to the relationship of log(variance) and log(mean) using local polynomial regression (loess). Then standardizes the feature
2021-07-01 18:25:26
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原创 单细胞10X genomcis 数据（seurat）统计方法；单细胞分析_统计_数据标准化
LogNormalize: Feature counts (UMI of a gene) for each cell are divided by the total counts (total UMI) for that cell and multiplied by the scale.factor. This is then natural-log transformed using log1p.CLR: Applies a centered log ratio transformation. An
2021-07-01 14:24:33
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空空如也
空空如也
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