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原创 scATAC-seq 细胞(based scRNA-seq)注释
1. 首先根据scRNA-seq找到细胞类群的marker 基因;比如下面三大类群细胞(虚线圈起来的);比如:Myeloid cell: 20 个marker 基因。2. 根据scATAC-seq 计算细胞之间的相似度;按照peak 开放性;tSNE图,先根据开放性peak,对所有细胞进行聚类分析;然后随机挑取一个细胞(Myeloid,Maker 基因promoter开放),根据开放性,计算其他所有细胞和这个细胞的相似性,并在图中用 "point" 大小表明。紧接着保留相似性最高的n
2021-07-06 15:19:41 1028
原创 TSNE and UMAP 降维可视化工具
什么是TSNE:也就是T分布和随机近邻嵌入(Stochastic neighbour Embedding )。UMAP与tSNE的区别:https://mp.weixin.qq.com/s/qkbc1vz-ERHzGp8gfLiVsg;https://www.jianshu.com/p/3f3843d494d1?from=singlemessage;http://www.360doc.com/content/20/1202/11/72648576_949070247.shtml;...
2021-07-02 15:55:10 440
原创 单细胞10X genomcis 数据(seurat)统计方法;单细胞分析_统计_筛选单细胞里面表达变异度最高的基因
Find variable featurespbmcX <- FindVariableFeatures(pbmcX, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)vst: First, fits a line to the relationship of log(variance) and log(mean) using local polynomial regression (loess). Then standardizes the feature
2021-07-01 18:25:26 764
原创 单细胞10X genomcis 数据(seurat)统计方法;单细胞分析_统计_数据标准化
LogNormalize: Feature counts (UMI of a gene) for each cell are divided by the total counts (total UMI) for that cell and multiplied by the scale.factor. This is then natural-log transformed using log1p.CLR: Applies a centered log ratio transformation. An
2021-07-01 14:24:33 556
空空如也
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