单细胞10X genomcis 数据(seurat)统计方法;单细胞分析_统计_筛选单细胞里面表达变异度最高的基因

Find variable features

pbmcX <- FindVariableFeatures(pbmcX, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)

vst: First, fits a line to the relationship of log(variance) and log(mean) using local polynomial regression (loess). Then standardizes the feature values using the observed mean and expected variance (given by the fitted line) [Z-score or scaled]. Feature variance is then calculated on the standardized values after clipping to a maximum (see clip.max parameter).

##c1=(1,2,3,4,5); c2=c(100,200,300,400,500); 平均数越大,对应的标准差计算也会越大,但是并不代表基因变异最大;假设 sd~means (符合多态分布);

for an observed mean M(o) and sd(o), obtain expected sd(e) ; 

C1 = scale(c1,mean=M(o),sd=sd(o))  ##var(C1)=1;

C1# = scale(c1,mean=M(o),sd=sd(e))

if sd(e)>sd(o); var(C1#) <1 (var(C1));  ##意味这c1 的变异小

if sd(e)<sd(o); var(C1#) >1 (var(C1)); ##意味着c1的变异大

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值