scATAC-seq 细胞（based scRNA-seq）注释

1. 首先根据scRNA-seq找到细胞类群的marker 基因；比如下面三大类群细胞（虚线圈起来的）；

比如：Myeloid cell： 20 个marker 基因。

2. 根据scATAC-seq 计算细胞之间的相似度；按照peak 开放性；

tSNE图，先根据开放性peak，对所有细胞进行聚类分析；然后随机挑取一个细胞（Myeloid，Maker 基因promoter开放），根据开放性，计算其他所有细胞和这个细胞的相似性，并在图中用 "point" 大小表明。紧接着保留相似性最高的n个细胞，用下图的线衡量他们之间关联；假设cellA 和 cellB 、cellC 关联.

3. 对于scATAC-seq里面的cellA, 假设计算与Myeloid cell 的influence score；

influence score= M(cell A)/N; 当score 大于一定值得时候，ATAC-seq里面的cellA ,就可以被推断是不是Myeloid cell.

M 指的是：在cellA里面, 落在promoter of Myeloid cell marker genes的ATAC-seq peaks

N 指的是： 在cellA里面 total ATAC-seq peaks。

4. 由于cellB 和cellC里面ATAC-seq peak由于数据稀疏问题，没有办法检测在Myeloid cell marker genes的ATAC-seq信息。但是根据 scATAC-seq里面：cellA 和 cellB 、cellC 关联. 因此也可以推断cellB cellC 也是Myeloid cell；这个可以被认为是diffuse influence.

ref:

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02279-1

https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41586-021-03674-1/MediaObjects/41586_2021_3674_MOESM1_ESM.pdf