Nuvolar-CSDN博客

原创在Windows下完成WGBS-Seq分析

纯粹就是记录下如何在Window下完成WGBS-Seq,并没有详细讲解WGBS-Seq的原理和每一步背后的含义。想深入了解可以翻生信技能树，生信宝典，组学大讲堂等等公众号。本文里的命令都是用(powershell or cmd, 部分需要cygwin64) 和 R脚本。本文数据来源OsChz1 acts as a histone chaperone in modulating chromatin organization and genome function in rice知乎搬运的图工具准备

2022-04-12 15:26:00 3293 5

原创 samtools能在windows运行吗？

samtools是ngs分析流程中常用的工具，其主要依赖于zlib，gcc，g++ 和clang，所以直接在windows运用不太可能。那么在类UNIX环境下能不能装好并运行呢。这里用了Cygwin来进行安装。Cygwin 安装 Cygwin安装教程【超详细】samtoolssamtools 和 bcftools 都是依赖于htslib, 先看下htslib的依赖。由于Cygwin 安装时只有基本的命令，其他工具都是选装的，因此还要装 gcc-g++， gcc-core，make， perl，z

2021-10-29 16:21:24 1499

原创在Windows下完成ChIP-Seq分析

纯粹就是记录下如何在Window下完成ChIP-Seq,并没有详细讲解ChIP-Seq的原理和每一步背后的含义。想深入了解可以翻生信技能树，生信宝典，组学大讲堂等等公众号。本文里的命令都是用(powershell or cmd, 部分需要cygwin64) 和 R脚本。本文参考文章Genome‑wide discovery of OsHOX24‑binding sites and regulationof desiccation stress response in rice工具准备conda （

2021-10-27 10:44:11 2446 1

原创在Windows下完成QTL-seq&MutMap

纯粹就是记录下如何在Window下少写代码完成QTL-seq&MutMap,并没有详细讲解QTL-seq&MutMap的原理和每一步背后的含义。详细原理以及实验设计可以看文章QTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations.;Genome sequencing reveals agronomica

2021-10-20 08:58:18 1646

原创 3K水稻SNP数据集的简单利用

3010份亚洲稻群体重测序项目是由中国农业科学院作物科学研究所牵头，联合国际水稻研究所、华大基因等16家单位共同完成。该研究对来自89个国家的3,010份水稻品种进行了重测序研究（resequence），参考的是日本晴（Nipponbare）基因组。所有3,010个基因组的平均测序深度（average sequencing depth）为14×,平均基因组覆盖率（average genome coverage）和绘图率（average mapping rate）分别为94.0％和92.5％。该项目的意义自

2021-09-16 21:16:13 8136 14

原创在Windows下完成转录组分析

纯粹就是记录下如何在Window下少写代码完成RNA-seq,并没有详细讲解转录组分析的原理和每一步背后的含义。想深入了解可以翻生信技能树，生信宝典，组学大讲堂等等公众号。本文里的命令都是用powershell执行的，cmd当然也可以。本文主要参考CJ写的完结 | TBtools RNA-seq 数据分析系列插件从下载数据开始到完成初步结果大概花了15个小时，大致为11步。本文是从0开始RNA-seq,本文前面几步是找别人的转录组测序数据，不需要可以跳过前面几步。工具准备TBtoolsSra T

2021-09-16 18:22:33 6747 3

原创一步完成WGCNA

今天发现TBtools上有了个神器 Rserver 。这意味我们可以把别人写好的R脚本直接拿过来运行。于是用OneStepWGCNA这个插件试验一下。本文主要记录试验过程和可能遇到的一些问题，主要参考『TBtools-plugin』OneStepWGCNA插件这篇文章。想要了解WGCNA的具体含义和流程可以参考：WGCNA分析，简单全面的最新教程一文学会WGCNA分析WGCNA官方网站WGCNA算法研究笔记OneStepWGCNA 的准备文件和详细参数虽然题目有点标题党，但这个插件真的方便，真.

2021-09-16 18:16:03 4061 2

原创 TBtools:基因家族分析简单流程

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2021-09-16 14:01:41 37941 18

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