samtools能在windows运行吗？

samtools是ngs分析流程中常用的工具，其主要依赖于zlib，gcc，g++ 和clang，所以直接在windows运用不太可能。那么在类UNIX环境下能不能装好并运行呢。
这里用了Cygwin来进行安装。
Cygwin 安装 Cygwin安装教程【超详细】
samtools
samtools 和 bcftools 都是依赖于htslib, 先看下htslib的依赖。

由于Cygwin 安装时只有基本的命令，其他工具都是选装的，因此还要装 gcc-g++， gcc-core，make， perl，zlib，libbz-devel， liblzma-devel，autoconf。

下载好samtools或bcftools后解压。
打开Cygwin64 Terminal，进入到samtools 对应文件夹， 安装官方给的命令运行。

### samtools 文件夹
cd D:samtools-1.14
./configure#配置文件
make
make install

如果有报错看看到底时缺了哪个包，在Cygwin 安上就好了。
把安装目录写到环境目录里去。在Cygwin64目录下找到home/user/.bash_profile，在末位加上PATH=/where/to/install/bin:$PATH
用samtools --help看下成功没有

构建个引索看看是不是真的可以

确实成功了。我看到目录有exe文件，那么再看看powshell能不能调用

powershell调用不了，这说明samtools只能再Cygwin 的终端运行了，但总归还是能用。
一个小测试，用Cygwin的方法总比装子系统，虚拟机，双系统啥的简单。