RNA-Seq
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python-bwt算法的编码和解码
关于bwt算法的原理可以看看这个博客,讲得很好 https://blog.csdn.net/blackjack_/article/details/73801003本文是利用python写的bwt算法的编码和解码,有兴趣的同学可以看看。例子是banana这个字符串def bwtencode(): global L, F L = '' F = '' text...原创 2018-07-19 02:38:53 · 2160 阅读 · 1 评论 -
对FPKM/RPKM以及TPM的理解
虽然一直在接触FPKM/RPKM以及TPM,但是仅仅是知道它们是转录本定量的值,并未究其根本。最近看了几篇文献,对其深层次的含义有了进一步的理解,因而在这里记录下来。首先来看FPKM/RPKM的起源: 在RNA-Seq中,最简单的定量基因表达量(gene expression)的方法就是将RNA-Seq数据比对到相应的参考序列上时,会有比对到各个基因的read数量,称为raw read coun...原创 2018-07-03 16:05:53 · 23793 阅读 · 4 评论 -
对链特异性建库的理解
刚接触高通量测序的时候就知道有链特异性建库这么个概念,当时也了解可以利用加U法,但是没有思考其中的细节。最近把这个概念掰开了揉碎了好好理解,终于填上了这个坑。正式讲之前,有几个概念是要明确的。DNA 的正链和负链,就是那两条反向互补的链。参考基因组给出的那个链就是所谓的正链(forword),另一条链是反链(reverse)。但是这正反一定不能和正义链(sense strand)反义链(a...原创 2018-07-27 01:21:03 · 16035 阅读 · 6 评论