开源许可证兼容性问题

最近在做开源项目的合规性检测，工具检测出来一堆 makefile 和pom.xml文件中依赖的组件库之间的许可证不兼容，比如makefile中依赖的组件A是GPL协议，但是整个项目是Apache协议，这种许可证不兼容是否是误报？有人可以给出解答吗？

刚才查了下GNU的官网，里面说：许可证的兼容性只在你想链接、混合或合并两个不同程序为一个程序时才有影响。在一个操作系统中同时有 GPLv3 和 GPLv2 的程序是没有问题的。比如，TeX 许可证和 Apache 许可证都不兼容 GPLv2，但是这个并不影响我们在同一个 Linux、Bash 和 GCC 下运行 TeX 和 Apache。因为它们是单独的程序。同样，Bash 和 GCC 升级到 GPLv3，而 Linux 保留在 GPLv2，也没有冲突。

期待看见更具体的解读。