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RSS订阅原创 学习笔记-模块和包
导入模块#将以下代码存入文件，文件命名为demo.pyclass Tmp: def __init__(self,nums): self.nums=nums if __name__=='__main__': #if 语句相当于 python 模拟的主程序入口 。可以在调试的时候使用。 a=Tmp(1) print (a.nums)els...
2020-02-16 16:50:17
119
原创 pvacseq 报错：ValueError: invalid literal for int() with base 10: '774-775'
Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/pvacseq", line 11, in <module> sys.exit(main()) File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/pvacseq/pvacseq.py", line 84, in main...
2020-02-12 18:52:06
255
原创 学习笔记-迭代器
迭代器用来表示一连串数据流的对象。重复调用迭代器的__next__() 方法（或将其传给内置函数next（））将逐个返回流中的项、 当没有数据可用时，则会引发Stopiteration 异常。迭代器必须有__iter__() 方法用来返回该迭代器的对象自身，因此迭代器必定也是可迭代对象，使用内置函数iter（）来创建迭代器对象判断：iter 和__next__ #判断：...
2020-02-10 23:21:44
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原创 学习笔记-OOP的三大特性
面向对象的三大特性：继承多态封装继承单继承 >>> class P: x=2 #C这个类继承P这个类 >>> class C(P): pass >>> P.x 2 #C继承了P这个类的x=2的属性 >>> C.x 2 #__base__可以查看类的父类...
2020-02-10 13:05:07
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原创 学习笔记-属性和方法
属性 >>> class Pyclass : lesson="python" #lesson：。类属性 def __init__(self,name): print ("this in __init__") self.name=name #name : 实例属性类属性（静态的）的调用： >>> Pyclass.less...
2020-02-09 17:38:39
77
原创 学习笔记-定义类
自定义类第一个例子： >>> class Superman : #class 关键词 + 你要定义的类名称 ''' #说明文档 a class of superman ''' def __init__(self,name): #初始化方法 self 对应创建的实例 print （“this is __init_...
2020-02-09 12:18:07
94
原创 学习笔记-函数
自定义函数使用 def 关键词，函数说明文档可以放在三引号里面，可以使用add_f._ _ doc_ _或者help(add_f)来查看def add_f(x,y): ''' just a test ''' return(x+y)return ： 中止函数并得到返回值传参的方法按照位置传参 >>> add_f(1,2) 3根据名称 &...
2020-02-05 18:30:07
90
原创 学习笔记-异常处理
错误和异常错误逻辑错误语法错误异常语法上正确的，但在尝试执行时，可能会引发严重错误。>>> 1/0Traceback (most recent call last): File "<pyshell#20>", line 1, in <module> 1/0ZeroDivisionError: division by zero...
2020-02-05 16:54:15
114
原创 学习笔记-while 循环
基本使用方法基本结构 while expr： statement block循环使用终止当前循环 ： break （也可以用于在for 循环）else语句除了用于if 语句，也可以用于for循环和while 循环 #用于while 循环 >>> i=0 >>> while (i < 4): i+=1 p...
2020-02-04 23:16:46
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原创 学习笔记-for 循环
基本使用方法基本形式字符串，列表，数组，字典等可迭代对象都可以作为操作对象for 循环规则 ： statement block#以字符串为例>>> b="ABC">>> for i in b: print (i,b.index(i))A 0B 1C 2#以字典为例 >>> dictb{'A': 0, 'B':...
2020-02-04 22:36:30
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原创 学习笔记-条件语句
1 多分支if 条件1 ： 执行代码块elif 条件2 ： 执行代码块...else 执行代码块2 三元操作符if else 语句的变体>>> x=3.14>>> numl="A" if x < 3 else "B">>> numl'B' ...
2020-02-04 20:49:23
99
原创 学习笔记-运算
算术运算+，-，*，/,//,%,**函数运算import math使用math 的函数逻辑运算或，与，非链式表达式本质是进行逻辑运算1 in [1,0] ==True即：（1 in [1,0]） and ([1,0]==Ture)>>> 1 in [1,0] ==True False>>> >>> >&g...
2020-02-04 17:40:19
92
原创 学习笔记-Python 里的集合
集合的特点互异性可以利用这个特性去重 >>> b="ABCCBA" >>>> setb=set(b) >>> setb {'A', 'B', 'C'} #去重 >>> listb=list(b) >>> listb ['A', 'B', 'C', 'C', ...
2020-02-04 17:39:50
137
原创 学习笔记-Python 里的字典
字典的基本操作创建字典使用花括号，逗号分割键值对键为不可变对象，因此字符串和元组可以作为键，列表不可作为键 #创建字典 >>> d={ "1":"first", "2":"second", "3":"third" } >>> d["1"] #类似序列里，通过索引获得元素 'first' # 使用内置函数...
2020-02-04 17:37:28
63
原创 学习笔记-Python 里的元组
元组的基本操作创建元组#使用逗号和小括号，直接创建>>> tuple1=(1,“TEST”,[1,2,3])>>> type(tuple1)<class 'tuple'>#使用tuple内置函数>>> b="ABC">>> tupleb=tuple(b)>>> tupleb(...
2020-02-04 17:37:09
59
原创 学习笔记-Python 里的列表
列表的基本操作创建列表 >>> a="012345678" >>> b="ABC"直接创建使用方括号创建，元素使用逗号隔开。列表中的元素可以是任何类型的对象 >>> list1=[a,b,"you",[1,2,3]] >>> list1 ['012345678', 'ABC', 'you', [1,...
2020-02-04 17:36:46
129
原创 学习笔记 - Python 里的字符串
基本操作定义方法： 使用单引号，双引号，或者三引号可以定义。以下的这些是字符串的基本操作，也是序列的基本操作（列表，元组等也是序列，同样适用） >>> a="012345678" >>> b="ABC"切片 >>> a[1:3] # 取第1个到第3个（不包含第3个）字符 '12' >>&g...
2020-02-04 17:35:24
69
原创 OncoKB 数据库
OncoKB 地址： https://oncokb.org/Paper ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5586540/pdf/nihms897314.pdf简介OncoKB （Oncology Knowledge Base），是由MSK（Memorial Sloan Kettering）癌症中心维护的全面的精准医疗肿瘤数据库。...
2019-10-31 18:14:27
4743
原创 根据bed文件计算CG含量
看到一个临床小panel的测序数据的质控结果，CG含量 37%，（一般的结果都是45-55%的范围）那是实验和测序造成的，还是本来就是这个这个数值呢。思路：根据bed文件提取基因组的的序列，然后再计算序列的CG含量。写脚本有点麻烦，下面这个方法稍微简单一点：提取序列：for region in $( awk '{print $1":"$2"-"$3}' my_two_gene.bed ) ...
2019-09-27 14:56:25
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原创 bam文件中提取比对到某个位点的reads
使用IGV查看bam文件的时候，发现IGV有时候并不能显示所有的reads（因为chr13:32907421，显示有ins，但是没有找到这个ins，怀疑IGV没有显示所有reads）所以想要查看比对这个位点的所有reads，然后再看这个位点ins信息。方法一：samtools view -h SampleName_T.realn.bam "chr13:32907420-32907421" ...
2019-09-26 17:39:08
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原创 学习笔记-Regression
RegressionOutput a scalar自变量X（input）因变量Y（output）寻找一个函数（function），他的output为一个数值，这种任务就叫 RegressionExample ApplicationStep1 ModleModle 本质上是 A set of function （f1，f2 ，f3 …）例如这个model：y=b+w * xcp...
2019-07-28 15:31:20
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空空如也
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