bam文件中提取比对到某个位点的reads

使用IGV查看bam文件的时候，发现IGV有时候并不能显示所有的reads（因为chr13:32907421，显示有ins，但是没有找到这个ins，怀疑IGV没有显示所有reads）

所以想要查看比对这个位点的所有reads，然后再看这个位点ins信息。

方法一：

samtools view -h SampleName_T.realn.bam  "chr13:32907420-32907421"  > chr13_32907421.sam

然后逐步筛选这个文件里的序列，但是有点浪费时间了。

方法二 :

samtools  tview SampleName_T.realn.bam -p "chr13:32907420-32907421"   -d T  > chr13_32907421.text

直接查看，只有reads序列，没有reads name。

将找到ins 的这些 reads name 去IGV里查看，确实没有相关reads，也是很奇怪了，以后找个时间研究一下 IGV的设置再看看。