安装GeoMol环境

分子构象生成
摘要由CSDN通过智能技术生成

原文

GeoMol: Torsional Geometric Generation of Molecular 3D Conformer Ensembles

https://github.com/PattanaikL/GeoMol

电脑参数

nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver

Copyright (c) 2005-2019 NVIDIA Corporation

Cuda compilation tools, release 10.2

Method1:按作者给的方法安装(依赖包必须大部分和作者使用的依赖包版本一致才可以,后续会有各种冲突bug,不建议使用该方法)

  1. 下载作者的安装包

git clone https://github.com/PattanaikL/GeoMol.git

在安装包下载的目录下,run make conda_env 安装依赖包

Method2:手动依次安装github上列出的依赖包

注意:安装最新版本的pytorch 和 pyg,和作者的脚本会有冲突,建议针对pytorch和pyg单独安装版本。

(1)安装pytorch 1.7.0(作者用的版本,避免之后冲突最好装一样的版本)(要根据自己的cuda版本找到对应的安装command,

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