本文详细介绍了如何使用annovar软件为非人类物种（如狗、猪）进行基因注释。内容包括从UCSC或Ensembl下载物种fasta文件，使用gtfToGenePred转换注释文件，解决注释过程中遇到的错误，以及最终进行基因注释的步骤。关键操作包括转换fasta、gtf到GenePred文件，生成.avinput文件以及进行注释。注意物种文件命名规则及错误处理，以确保annovar正确识别和处理数据。
来自一个生信小白探索了两天此软件的结果：
1，首先第一步，我建议看教程还是做不到的话再看看annovar的官方网站！！！！非常重要，我按照网上教程做了一天，没太多用，但是我了解了大概过程，认识了几个命令，对后面理解也是挺有用的。
2，需要下载物种的fasta文件，此步骤不需要在此下载，在ucsc ，ensemble网站都可以自行下载。
3，开始使用annovar下载我们需要的基因注释文件：
（我们总共需要三个文件就行，样本的fasta文件sample.fa， .txt后缀的注释文件，以及vcf文件。）
①perl annotate_variation.pl --buildver canFam3 --downdb gene dogdb/
但是对于尝试了下载失败的，就可能是RefSeq gene， UCSCGene不可用，就比如猪，狗之类的，就需要用以下命令：
①perl annotate_variation.pl --downdb --buildver canFam3 ensgene dogdb/
按照教程我使用上述的命令下载狗（canFam3） 需要的注释文件以.txt为后缀，这是我们后续需要的。
（1）如果是下载了.gtf文件，那么需要使用gtfToGenePred工具将gtf file转换成GenePred file：（最好是下载了.txt文件就不需要这个gtf文件了，后续会出很多问题）
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