GS
swuteresa
这个作者很懒,什么都没留下…
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About GS
Implementation of Genomic Selection conceptually proceeds in two steps:(1) Estimation of the effects of chromosome segments in a reference population and(2)Prediction of genomic EBVs(GEBVs) for an原创 2013-02-01 15:56:19 · 1002 阅读 · 0 评论 -
Difference between GWAS/MAS and GS
The difference between MAS and genomic selection is that MAS only utilizes the SNPs that are significant in a GWAS, whereas genomic selection uses a genome-wide panel of dense markers so that all QTL原创 2013-03-04 14:29:46 · 1896 阅读 · 0 评论 -
数据特性概要
1.多环境2.多等位基因3.有缺失4.只有genotype和phenotype数据,没有pedigree和map(marker info)数据5.观察数(n)大于标记数(p)6.数据规模小原创 2013-04-03 11:33:32 · 718 阅读 · 0 评论 -
Synbreed与rrBLUP
Synbreed中的RRBLUP模型(用函数gpMod实现)与rrBLUP包中的kin.blup:若使用同一个数据集,同一个relationship矩阵,则得出的结果相近。区别:1.gpMod中使用的kin矩阵为kin.blup中kin矩阵的一半。2.kin.blup结果中的Vg为gpMod结果中fit的分量sigma的第一个值kinTS的1000倍。Vg:遗传方差Ve:剩余方原创 2013-05-01 17:19:34 · 3392 阅读 · 0 评论 -
BLUE和BLUP
BLUE:将基因型当作fixed effects。估计出表型值的BLUE,用以修正田间实验误差(要考虑不同的实验设计),得到的结果(表型值的BLUE)作为其他后续方法training时的表型值使用。BLUP:将基因型当作random effects。估计出方差组分(可由此计算出遗传率,用于计算Bayesian方法中的先验参数等),得到表型值的BLUP作为其他后续方法用于评估预测准确度时的TBV原创 2013-05-07 08:50:31 · 4801 阅读 · 0 评论 -
Breeding Value与Genotypic Value
支持和实现GWAS和GS的R Package中,只有Synbreed适合做植物育种,其他的Package都是针对动物,动物(特别是人类)数据的分析,有个重要的预处理:分析群体的HW平衡性。植物群体因为存在人为选择的问题,不可能满足HW平衡。在GWAS和GS之前,育种领域已有大量成熟的研究与应用,是基于表型分析的。育种值BV(Breeding Value),特指加性基因效应的部分。如果能原创 2013-05-12 14:08:37 · 1338 阅读 · 0 评论 -
relationship and differences between Bayesian methods
Shrinkage parameter estimation:(1) Ridge regression: grid search, or a mixed model approach (with the "emma" R package)(2) Bayesian ridge regression: a Bayesian hierarchical model(1) and (2) ass原创 2013-05-16 09:37:47 · 857 阅读 · 0 评论 -
PBGB Seminar
昨天的Division Seminar座无虚席,讲完后讨论近半小时,Ye几乎回答了所有的提问。认识了一位女专家:Professor Susan McCouch, Cornell Universityhttp://plbrgen.cals.cornell.edu/people/faculty.cfm?netId=srm4以及PBGB的热心教授Professor Hei Lia原创 2013-05-16 10:04:43 · 11070 阅读 · 0 评论