Breeding Value与Genotypic Value

支持和实现GWAS和GS的R Package中，只有Synbreed适合做植物育种，其他的Package都是针对动物，动物（特别是人类）数据的分析，有个重要的预处理：分析群体的HW平衡性。植物群体因为存在人为选择的问题，不可能满足HW平衡。

在GWAS和GS之前，育种领域已有大量成熟的研究与应用，是基于表型分析的。

育种值BV（Breeding Value），特指加性基因效应的部分。

如果能考虑非加性基因效应（显性、上位性、交互等），则得到的预测结果是GV（Genotypic Value），而不能称为Breeding Value，BV是包含在GV中的。

遗传率高意味着加性效应占的比例大，各种不同GS方法的预测能力都应该比较好。相对于基于混合模型的方法，可以对非加性效应建模的方法，其优势不明显，甚至准确度和效率都更低。