Synbreed与rrBLUP

Synbreed中的RRBLUP模型（用函数gpMod实现）与rrBLUP包中的kin.blup：若使用同一个数据集，同一个relationship矩阵，则得出的结果相近。

区别：

1.gpMod中使用的kin矩阵为kin.blup中kin矩阵的一半。

2.kin.blup结果中的Vg为gpMod结果中fit的分量sigma的第一个值kinTS的1000倍。

Vg：遗传方差

Ve：剩余方差

方差组分可用于crossVal函数进行CV，方法：将VC.est参数设为commit，在varComp中指定遗传方差（除以1000后的结果值）和剩余方差

例子：

library(synbreed)
library(rrBLUP)

load("blued_pheno.RData")
load("dart_markers.RData")

#将基因型数据转换为synbreed的格式：{0,1,2}分别表示{AA,Aa,aa}
is.heter<-function(x){
  substr(x,1,1)!=substr(x,3,3)
}

genotype<-dart_markers
genotype[genotype==0]<-"A/A"
genotype[genotype==1]<-"T/T"

phenotype<-pheno
rownames(genotype)<-rownames(phenotype)<-