ubuntu配置open-mpi笔记（虚拟机）

原文地址：http://chenwenxuan.com/2013/02/17/ubuntu-openmpi/

在ubuntu上尝试配置了一下open-mpi，在虚拟机上完成。从安装ubuntu到配置完成mpi的过程。整理一下。

1. 安装ubuntu
先下载iso文件，ubuntu-12.04.1-server-i386.iso，这个ubuntu不会启动ui界面，适合在虚拟机上安装，安装比较简单，按照提示即可。

2. 配置网络
我使用的是NAT方式固定IP。
1) 在vmware界面上依次打开Edit -> Virtual Network Editor，选中VMnet8，将选项Use local DHCP service to distribute IP address to VMs 取消选中。,打开NAT Settings记住Subnet IP, Subnet Mask, Gateway IP。
2) 打开虚拟机，后面的操作都需要root权限，先用sudo su命令切换到root下，然后使用vim打开/etc/network/interfaces，将网卡配置成如下方式，其中195要根据自己的子网修改，gateway, netmask根据之前记下的值进行设置，dns服务器用了google的服务器。

auto eth0
iface eth0 inet static
address 192.168.195.100
netmask 255.255.255.0
broadcast 192.168.195.255
gateway 192.168.195.2
dns-nameservers 8.8.8.8

保存以后执行下面的命令使网络配置生效

/etc/init.d/networking restart

3) 如果重启自己的机器以后无法连接到虚拟机上，打开本机的网络和共享中心，找到VMnet8对应的本地连接，和ubuntu一样，修改成静态的ip。

3. 配置telnet服务
使用虚拟机的时候主要还是要在自己的机器上操作比较方便，所以telnet服务是一定要打开的，后面也会配置ssh，可以不配置。
执行

apt-get install xinetd
apt-get install telnetd

修改/etc/inetd.conf（如果没有的话创建一个），加入以下内容

telnet stream tcp nowait telnetd /usr/sbin/tcpd /usr/sbin/in.telnetd

修改/etc/xinetd.conf文件

defaults 
{ 
instances = 60 
log_type = SYSLOG authpriv 
log_on_success = HOST PID 
log_on_failure = HOST 
cps = 25 30 
} 
includedir /etc/xinetd.d

修改/etc/xinetd.d/telnet文件

service telnet 
{ 
disable = no 
flags = REUSE 
socket_type = stream 
wait = no 
user = root 
server = /usr/sbin/in.telnetd 
log_on_failure  = USERID 
}

配置完成以后重启服务，切换到自己的机器，使用telnet登录进行验证

service xinetd restart

4. 配置nfs
安装server，并创建目录

apt-get install nfs-kernel-server
mkdir /export
mkdir /export/home

用mount命令将home目录绑定到/export/home

mount --bind /home /export/home

这样绑定好立即生效，但是重启以后还需要手动绑定，所以需要修改/etc/fstab文件，在最后加入一行

/home /export/home none bind 0 0

修改 /etc/default/nfs-kernel-server，将 NEED_SVCGSSD 设为 no：
修改 /etc/default/nfs-common，将 NEED_IDMAPD 设为 yes，NEED_GSSD 设为 no：
修改/etc/exports文件，这个文件用于指定多少目录共享出去

/export *(rw,fsid=0,no_subtree_check,sync)
/export/home *(rw,nohide,insecure,no_subtree_check,sync)

第一行是设定 /export 为根录目（fsid=0 即是设定为根目录的意思）

重启服务

/etc/init.d/nfs-kernel-server restart
service idmapd restart

在第二台服务器上配置nfs client
apt-get install nfs-common
修改 /etc/default/nfs-common，将 NEED_IDMAPD 设为 yes：
重启服务

sudo service idmapd restart

可以先将第一台服务器上的文件mount上去

mount s001:/home /home

成功以后在 /etc/fstab，加入一行，以后重启的时候可以自动mount上去

master:/home /home nfs4 _netdev,auto 0 0

5. 配置ssh
安装ssh

apt-get install openssh-server

生成密钥，因为之前已经配置好nfs了，所以，文件就不需要传到其他机器上了

ssh-keygen
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/xxx/.ssh/id_rsa):
Created directory '/home/xxx/.ssh'.
Enter passphrase (empty for no passphrase):
Enter same passphrase again:
Your identification has been saved in /home/xxx/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/xxx/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
5c:83:ed:dc:dd:a6:3f:33:cd:9c:64:09:e6:f5:4b:27 xxx@ubuntu
The key's randomart image is:
+--[ RSA 2048]----+
|                 |
|         o       |
|        . +      |
|       . + o + o |
|        S o + + =|
|             .EBo|
|              =+=|
|               B+|
|                =|
+-----------------+
cd ~/.ssh
cat id_rsa.pub >> authorized_keys

6. 安装openmpi
apt-get install libopenmpi-dev openmpi-bin openmpi-doc

参考文档：
1. http://blog.sina.com.cn/s/blog_5988cec901017jcl.html
2. http://www.cnblogs.com/vigarbuaa/archive/2012/09/15/2686847.html
3. http://www.cnblogs.com/chen1987lei/archive/2010/12/02/1894768.html
3. https://help.ubuntu.com/community/SettingUpNFSHowTo
4. http://wiki.linux-nfs.org/wiki/index.php/Nfsv4_configuration
5. http://askubuntu.com/questions/135496/bind-mounting-read-only-using-fstab-on-ubuntu
6. http://linux.icydog.net/ssh/pubkey.php