hdu 1080 带权值的 最长公共子序列 动态规划

要做这个题目，首先要会最长公共子序列。

推荐hdu 1159.   顺带提供一篇别人写的解题报告 http://blog.csdn.net/a_eagle/article/details/7213236

然后再看这题，思路基本相同。我们将'--' 设为0  'A'设为1  'C'设为2   'G'设为3  'T'设为4.

根据输入构造序列 a和b。

则根据题中表格可以得到一个二维数组 ：

int base[5][5] = {0,-3,-4,-2,-1,-3,5,-1,-2,-1,-4,-1,5,-3,-2,-2,-2,-3,5,-2,-1,-1,-2,-2,5};

dp[i][j] 为a序列拿出前i个，b序列拿出前j个 时的最大 分数（ The score of the alignment ）。

先准备好其中一个序列拿出0个的情况

for(i = 1; i <= n; i++) dp[i][0] = dp[i-1][0] + base[a[i]][0]; 
for(i = 1; i <= m; i++) dp[0][i] = dp[0][i-1] + base[0][b[i]];

然后 状态转移方程： 

一式：dp[i-1][j] + base[a[i]][0]   二式：dp[i][j-1] + base[0][b[j]]  三式：dp[i-1][j-1] + base[a[i]][b[j]]

dp[i][j] = max{ 一式，二式，三式 }

#include<stdio.h>
#include<string.h>
#include<algorithm>
#include<stdlib.h>
using namespace std;
int base[5][5] = {0,-3,-4,-2,-1,-3,5,-1,-2,-1,-4,-1,5,-3,-2,-2,-2,-3,5,-2,-1,-1,-2,-2,5};
int dp[105][105],a[105],b[105],m,n;
int magic(char t)
{
	if(t=='A') return 1;
	else if(t=='C') return 2;
	else if(t=='G') return 3;
	else if(t=='T') return 4;
}
void set()
{
	int i;
	dp[0][0] = 0;
	for(i = 1; i <= n; i++)	dp[i][0] = dp[i-1][0] + base[a[i]][0]; 
	for(i = 1; i <= m; i++)	dp[0][i] = dp[0][i-1] + base[0][b[i]];
}
int main()
{
//	freopen("t.txt","r",stdin);
	int t,i,j;
	char temp;
	scanf("%d",&t);
	while(t--)
	{
		memset(dp,0,sizeof(dp));
		scanf("%d",&n);
		getchar();
		for(i = 1; i <= n; i++)
		{
			scanf("%c",&temp);
			a[i] = magic(temp);
		}
		scanf("%d",&m);
		getchar();
		for(i = 1; i <= m; i++)
		{
			scanf("%c",&temp);
			b[i] = magic(temp);
		}
		set();
		for(i = 1; i <= n; i++)	
		{
			for(j = 1; j <= m; j++)
			{
				if(a[i] == b[j]) dp[i][j] = dp[i-1][j-1] + base[a[i]][b[j]];
				else
				{
					dp[i][j] = max(dp[i-1][j] + base[a[i]][0],max(dp[i][j-1] + base[0][b[j]],dp[i-1][j-1] + base[a[i]][b[j]]));
				}
			}
		}	
		printf("%d\n",dp[n][m]);
	}
}