1、查询并更改当前工作目录。工作目录是当前文件的存储路径,下载的GWAS数据也要保存到工作目录中。
getwd() #查询当前工作目录
setwd("D:/R/intro_to_R") #改变工作目录
2、查询并更改R包的下载路径
.libPaths() #查询包下载路径
.libPaths("D:/R-4.3.1/package") #更改包下载路径
3、下载和运行包
library() #查询已下载的包
install.packages("remotes")
remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR") #下载TwoSample包
library(TwoSampleMR) #运行TwoSample包,不需要加引号
install.packages("devtools")
devtools::install_github("rondolab/MR-PRESSO")
library(MRPRESSO)