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原创 RStudio 下载R包的几种方法

1. 使用RStudio自带的安装方法,右侧找到Packages,点击Install,然后输入package_name即可2.使用CRAN,repos后面的镜像地址可以更改,一般使用的是这个清华的镜像。#一般使用第一行命令进行安装,如果不成功可以参考第二行命令对镜像进行设置install.packages("package_name")install.packages("package_name",repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRA

2022-05-12 12:46:51 14865

原创 Neale Lab 遗传相关性

参考网址:https://nealelab.github.io/UKBB_ldsc/h2_browser.html提供了 4178 个UKB表型的 GWAS 的分区 LDSR(LD score regression) 结果,如下所示可以在Search栏进行搜索;Select Columns可以选择你想要查看的列(有默认隐藏的列),下面对各列进行简单的介绍。名称描述ID (hidden)UK Biobank phenotype code , an ICD10 code, or a

2021-08-21 17:10:59 1178

原创 read_exposure_data()

在RStudio中输入> help(函数名)即可查看函数的各个参数及其相关内容。下面将read_exposure_data()函数及其参数做了简单的整理。此函数可用于做MR时按照规定格式读取本地文件。以下是给出的示例:read_exposure_data( filename, clump = FALSE, sep = " ", phenotype_col = "Phenotype", snp_col = "SNP", beta_col = "beta", se_co

2021-08-17 18:06:09 3883

原创 HaploReg输入

HaploReg网址:https://pubs.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php输入一共有三种选项。如果选择第一种方式输入snp,每个snp之间用逗号隔开,并且逗号要用英文逗号!!!如果输入内容之后没有结果,不妨看看是不是输入有问题,英文逗号是关键...

2021-08-08 15:11:36 851

原创 《机器学习》 周志华(西瓜书)的简单笔记

异常样本检测:可视化,概率统计(正态分布,高斯分布),PCA降维去除异常值,isolation forest(那些密度很高的簇是可以被切很多次才会停止切割,但是那些密度很低的点很容易很早的就停到一个子空间了)学习器在所有新样本上的误差——泛化误差(generalization error)学习能力过强,以至于把训练样本所包含的不太一般的特性都学到了——过拟合(overfitting)机器学习的大部分带参模型只是改变了最优化目标中的损失函数:如果是Square loss,那就是最小二乘了;如果是H

2021-08-06 16:47:06 1123

原创 MacBook的使用(慢慢补充)

1.1.111. 任务管理器:command+option+esc2. 标音调:tab ēéěè3. 显示隐藏文件:shift +command+. (再按一次恢复)4. 终端进入python后的退出:control+D5. 快速查看txt文件有几行:终端里面输入【wc -l 文件路径】...

2021-08-06 16:03:32 110

原创 TwoSampleMR安装R包(devtools辅助从GitHub上安装R包)

参考链接:https://github.com/MRCIEU/TwoSampleMR电脑是MacBook Air,以下指令在RStudio中输入。在没有安装devtools的情况下,输入以下指令:install.packages("devtools")devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")若是原先就已经安装好devtools,那就可以直接调用:Library(“devtools")install_github("MRCIEU/

2021-08-06 15:50:05 14430 11

原创 iRIGS在R中安装依赖包(从Github下载R包失败)

参考网站:https://github.com/crotoc/iRIGS使用的是macbook air第一句成功截图如下:(如果不成功就要自行安装devtools)第二句报错有两种:(1)HTTP error 403(2)HTTP error 401最终的解决方案是创建一个新的GITHUB_PAT。(1)在RStudio中输入内容,如下图所示。(蓝色字体部分)首先是激活devtools,输入library("devtools")。要是没有安装devtoo...

2021-08-01 15:25:31 434 1

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