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RSS订阅原创 RStudio 下载R包的几种方法
1. 使用RStudio自带的安装方法，右侧找到Packages，点击Install，然后输入package_name即可2.使用CRAN，repos后面的镜像地址可以更改，一般使用的是这个清华的镜像。#一般使用第一行命令进行安装，如果不成功可以参考第二行命令对镜像进行设置install.packages("package_name")install.packages("package_name",repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRA
2022-05-12 12:46:51
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原创 Neale Lab 遗传相关性
参考网址：https://nealelab.github.io/UKBB_ldsc/h2_browser.html提供了 4178 个UKB表型的 GWAS 的分区 LDSR（LD score regression） 结果，如下所示可以在Search栏进行搜索；Select Columns可以选择你想要查看的列(有默认隐藏的列)，下面对各列进行简单的介绍。名称描述ID (hidden)UK Biobank phenotype code , an ICD10 code, or a
2021-08-21 17:10:59
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原创 read_exposure_data()
在RStudio中输入> help(函数名)即可查看函数的各个参数及其相关内容。下面将read_exposure_data()函数及其参数做了简单的整理。此函数可用于做MR时按照规定格式读取本地文件。以下是给出的示例：read_exposure_data( filename, clump = FALSE, sep = " ", phenotype_col = "Phenotype", snp_col = "SNP", beta_col = "beta", se_co
2021-08-17 18:06:09
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原创 HaploReg输入
HaploReg网址：https://pubs.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php输入一共有三种选项。如果选择第一种方式输入snp，每个snp之间用逗号隔开，并且逗号要用英文逗号！！！如果输入内容之后没有结果，不妨看看是不是输入有问题，英文逗号是关键...
2021-08-08 15:11:36
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原创 《机器学习》 周志华（西瓜书）的简单笔记
异常样本检测：可视化，概率统计（正态分布，高斯分布），PCA降维去除异常值，isolation forest（那些密度很高的簇是可以被切很多次才会停止切割，但是那些密度很低的点很容易很早的就停到一个子空间了）学习器在所有新样本上的误差——泛化误差（generalization error）学习能力过强，以至于把训练样本所包含的不太一般的特性都学到了——过拟合（overfitting）机器学习的大部分带参模型只是改变了最优化目标中的损失函数：如果是Square loss，那就是最小二乘了；如果是H
2021-08-06 16:47:06
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原创 MacBook的使用（慢慢补充）
1.1.111. 任务管理器：command+option+esc2. 标音调：tab ēéěè3. 显示隐藏文件：shift +command+. （再按一次恢复）4. 终端进入python后的退出：control+D5. 快速查看txt文件有几行：终端里面输入【wc -l 文件路径】...
2021-08-06 16:03:32
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原创 TwoSampleMR安装R包（devtools辅助从GitHub上安装R包）
参考链接：https://github.com/MRCIEU/TwoSampleMR电脑是MacBook Air，以下指令在RStudio中输入。在没有安装devtools的情况下，输入以下指令：install.packages("devtools")devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")若是原先就已经安装好devtools，那就可以直接调用：Library(“devtools")install_github("MRCIEU/
2021-08-06 15:50:05
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原创 iRIGS在R中安装依赖包（从Github下载R包失败）
参考网站：https://github.com/crotoc/iRIGS使用的是macbook air第一句成功截图如下：（如果不成功就要自行安装devtools）第二句报错有两种：（1）HTTP error 403（2）HTTP error 401最终的解决方案是创建一个新的GITHUB_PAT。（1）在RStudio中输入内容，如下图所示。（蓝色字体部分）首先是激活devtools，输入library("devtools")。要是没有安装devtoo...
2021-08-01 15:25:31
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空空如也
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