affyPLM包常用函数

GEOquery

常用函数

1 fitPLM

功能：通过拟合探针水平模型(probe-level model)，将AffyBatch转换为PLMset。

返回值：PMLset。

fitPLM(object,model=PM ~ -1 + probes +samples,
variable.type=c(default="factor"),
constraint.type=c(default="contr.treatment"),
subset=NULL,
background=TRUE, normalize=TRUE, background.method="RMA.2",
normalize.method="quantile", background.param=list(),
normalize.param=list(), output.param=verify.output.param(),
model.param=verify.model.param(object, model),
verbosity.level=0)

参数	注释
object	AffyBatch对象。

2 MAplot

功能：根据数据生成MA图。

返回值：MA图。

MAplot(...)\

注意：详情见affyPLM解释文档MAplots。下面列出解释文档中的代码。照着运行一遍就明白各种参数的意义了。基本不需要更改默认参数。

### R code from vignette source 'MAplots.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: loadPackage
###################################################
library(affyPLM)
options(width=60)


###################################################
### code chunk number 2: makeExpressionSet
###################################################
require(affydata)
data(Dilution)
eset.Dilution <- rma(Dilution)


###################################################
### code chunk number 3: FirstUsageShow (eval = FALSE)
###################################################
## par(mfrow=c(2,2))
## MAplot(eset.Dilution)


###################################################
### code chunk number 4: FirstUsageDo
###################################################
png("MAplotFirstUse.png",height=8,width