GEOquery
常用函数
1 fitPLM
功能:通过拟合探针水平模型(probe-level model),将AffyBatch转换为PLMset。
返回值:PMLset。
fitPLM(object,model=PM ~ -1 + probes +samples,
variable.type=c(default="factor"),
constraint.type=c(default="contr.treatment"),
subset=NULL,
background=TRUE, normalize=TRUE, background.method="RMA.2",
normalize.method="quantile", background.param=list(),
normalize.param=list(), output.param=verify.output.param(),
model.param=verify.model.param(object, model),
verbosity.level=0)
参数 | 注释 |
---|---|
object | AffyBatch对象。 |
2 MAplot
功能:根据数据生成MA图。
返回值:MA图。
MAplot(...)\
注意:详情见affyPLM解释文档MAplots。下面列出解释文档中的代码。照着运行一遍就明白各种参数的意义了。基本不需要更改默认参数。
### R code from vignette source 'MAplots.Rnw'
###################################################
### code chunk number 1: loadPackage
###################################################
library(affyPLM)
options(width=60)
###################################################
### code chunk number 2: makeExpressionSet
###################################################
require(affydata)
data(Dilution)
eset.Dilution <- rma(Dilution)
###################################################
### code chunk number 3: FirstUsageShow (eval = FALSE)
###################################################
## par(mfrow=c(2,2))
## MAplot(eset.Dilution)
###################################################
### code chunk number 4: FirstUsageDo
###################################################
png("MAplotFirstUse.png",height=8,width