芯片数据分析步骤3 芯片质量控制-affy

affy芯片质量控制

前言

大家手头的芯片数据一般有两个来源，一个是自己做的芯片的数据，一个是从数据库下载的芯片数据。

如果是自己做的芯片的数据，是一定要进行芯片质量控制的。虽然厂家会提供芯片质量分析的结果，但如果有可能的话，最好还是自己也进行质量分析。根据分析的结果，决定排除哪些芯片的数据，甚至重做也是有可能的。一定只能用质量好的芯片数据，否则可能影响实验结果。自己做的芯片数据在质量控制的阶段一定要严格把关，分析过程越详细越好。

如果手头的芯片数据是从数据库下载的话，那一般是没有质量问题的。因为上传者在上传数据之前就已经进行过质量控制了，使用者一般不需要进行严格的质量控制，分析流程也不需要太详细以加快处理速度。

方法

1 使用 arrayanalysis 网站

1、登录arrayanalysis网站

2、选择Get started

3、上传包含.CEL文件的Zip压缩文件

4、点击Run affyQC

5、查看并下载输出的芯片质控图。

arrayanalysis网站能够对Affymetrix和Illumina芯片的原始数据进行质量控制。操作非常简单，输出的质量控制结果非常的详细，甚至详细到没有必要的程度。

如果在网站上运行质量控制可能速度太慢，我自己上传的文件稍微大一点就要运行半天。如果不想在网页上运行，网站也提供了R脚本。把R脚本下载下来，照着运行就可以了。

2 使用affy包、oligo包、simpleaffy包和arrayQuanlityMetrics包

1 灰度图

芯片灰度图能够检测芯片表面是否均一，是否存在spatial artifact。affy包与oligo包的代码相同。

不存在spatial artifact

存在spatial artifact！