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生物信息学
tsubasayyy
先成为程序猿再考虑成为攻城狮
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[文献解读#4] 肿瘤抗原与肠道噬菌体之间的免疫交叉反应
微生物文献解读:问题串联文章思路,快速看懂正文主图。Cross-reactivity between tumor MHC class I–restricted antigens and an enterococcal bacteriophage杂志:Science [41.845]发表时间:21 August 2020第一单位:Gustave Roussy Cancer Campus (GRCC), Villejuif, France第一作者:Aurélie Fluckiger通讯作者:Gui原创 2020-10-30 16:31:14 · 1966 阅读 · 1 评论 -
[文献解读#3] 一种反向生态学方法:用基因流定义微生物种群
微生物文献解读:问题串联文章思路,快速看懂正文主图。A Reverse Ecology Approach Based on a Biological Definition of Microbial Populations杂志:Cell [38.637]发表时间:8 August 2019第一单位:Department of Civil and Environmental Engineering, Massachusetts Institute of Technology第一作者:Philip A原创 2020-10-03 15:30:30 · 1319 阅读 · 0 评论 -
[文献解读#2] MetaCHIP检测菌群中的横向转移基因
微生物文献解读:用问题形式串联文章主要思路及其结论,快速看懂正文主图。MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through the combination of best-match and phylogenetic approaches杂志:Microbiome [11.607]发表时间:4 March 2019第一单位:Centre for Marine Bio-Innovation, Univers原创 2020-09-15 16:21:31 · 2107 阅读 · 0 评论 -
Mantel test: 两个矩阵相关关系的检验
转载 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b678be40100o464.htmlMantel test 是对两个矩阵相关关系的检验,由Nathan Mantel在1976年提出。之所以抛开相关系数发展这样一种方法,是因为相关系数只能处理两列数据之间的相关性,而在面对两个矩阵之间的相关性时就束手无策。Mantel检验专治这种不服。这种方法多用于生态学上,不同的样本case对应不同的变量,而不同的变量可以分属不同的类别,对case有不同角度的刻画。如基于不同植物种类数量可以建立转载 2020-09-05 17:25:03 · 10581 阅读 · 3 评论 -
[文献解读#1] 可移动遗传元件助力细菌适应性进化
微生物文献解读:用问题形式串联文章主要思路及其结论,快速看懂正文主图。A Bioinformatic Analysis of Integrative Mobile Genetic Elements Highlights Their Role in Bacterial Adaptation杂志:Cell Host & Microbe [15.923]发表时间:8 January 2020第一单位:Department of Genetics, Stanford University第一作原创 2020-08-27 16:16:43 · 3848 阅读 · 0 评论 -
MACS软件中peak-calling算法简介
转载:https://www.plob.org/article/7227.html本文将以MACS为例,介绍ChIP-seq数据的处理流程。为节省篇幅,本文略去测序数据预处理、mapping reads等步骤,直接从peak-calling开始讲起。一、首先粗略地介绍一下MACS的基本原理。TF在基因组上的结合其实是一个随机过程,基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF,只是概率不一样,说白了,peak出现的位置,是TF结合的热点,而peak-calling就是为了找到这些热点。如何定义热点转载 2020-08-26 17:04:11 · 3480 阅读 · 0 评论