[文献解读#4] 肿瘤抗原与肠道噬菌体之间的免疫交叉反应

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Cross-reactivity between tumor MHC class I–restricted antigens and an enterococcal bacteriophage

• 杂志：Science [41.845]
• 发表时间：21 August 2020
• 第一单位：Gustave Roussy Cancer Campus (GRCC), Villejuif, France
• 第一作者：Aurélie Fluckiger
• 通讯作者：Guido Kroemer, Laurence Zitvogel
• 链接：https://science.sciencemag.org/content/369/6506/936

点评

研究人员对肿瘤免疫治疗、肿瘤（新）抗原的热情一直不减，从肠道菌当中找交叉反应抗原也不是啥新鲜事了，但是将噬菌体和肿瘤抗原联系在一起，能够使交叉抗原、新抗原的来源更广泛且使之更易于转移，为寻找和利用这些抗原打开了一扇新大门。（Science的文章一直给人的感觉就是，不仅思路严谨，而且让人看到一个领域的无限可能。）

简介

本文发现了肠球菌Enterococcus hirae基因组上整合噬菌体的tape-measure protein存在一段多肽序列，可以作为抗原表位（epitope）和MHC-I类分子结合，产生的反应与肿瘤抗原对T细胞的反应相似（即交叉反应），从而提高免疫细胞在癌症治疗中的作用。

背景

如果不太熟悉肿瘤抗原或新抗原，可以先移步知乎：肿瘤新抗原专题一：neoantigen是啥？。也建议再自主扫盲一下肿瘤免疫治疗和免疫学基本概念等知识。

• Q: 交叉反应是什么？背后理论是什么？

• A: 我对交叉反应的理解是，特异性结合一类抗原A的TCR或者BCR，也能同时结合抗原B，那么A和B对于这个TCR或者BCR就有交叉反应，叫做交叉反应抗原；Molecular mimicry（分子模拟）更多地用于解释自身免疫疾病，认为某些微生物抗原与宿主自身抗原结构相似，故针对微生物抗原的特异性抗体或效应性T细胞可与相应宿主抗原产生反应，从而引起自身免疫病。在本文语境下更多的认为是微生物抗原与宿主肿瘤抗原在序列或结构上相似性、同源性高。

• Q: 本文涉及的免疫机制、通路可以概括为什么？

• A: 本文前期已经发表过研究结果（Daillère R et al. Enterococcus hirae and Barnesiella intestinihominis facilitate cyclophosphamide-induced therapeutic immunomodulatory effects[J]. Immunity, 2016, 45(4): 931-943.）已知涉及的免疫机制为：CTX -> 引起肠球菌转移到淋巴组织 -> 刺激CD8+ T淋巴细胞 -> 产生IFN-gamma -> 提高对肿瘤的免疫响应。（换句话说，本文涉及的免疫主要是细胞免疫，并且是CD8+ T淋巴细胞分泌干扰素杀伤癌细胞的通路）

注意：本文中涉及的抗原表位都是线性表位=多肽。

结果

特异性抗原表位TMP1（小鼠data）

• Q1: 找特异性抗原序列（短肽）的流程是怎么样的？
• A1:
• step 1. [实验]发现只有特殊的一些strains（如 E.hirae 13144）能引起特异性的CD8+ T细胞反应。
• step 2. [生信]对比有免疫原性的strains与无免疫原性的strains的细胞壁与分泌蛋白上的序列，找出可能的T细胞表位。
• step 3. [生信]筛选出与H-2Kb分子有强亲和力（<50 nM）的9肽。
• step 4. [实验]找出并分离出特定的9肽（结果为：TSLARFANI，又叫TMP1）。这些9肽在重新刺激（接受了CTX与E.hirae 13144治疗小鼠）的脾脏CD8+ T细胞后能够产生最多的IFN-gamma。

总体思路：找到能与CTX联用的特异性strain -> 从strain上找到特异性的抗原表位 -> 证明IFN-gamma产生的增多是由于此表位引起的 -> 证明抗肿瘤T细胞多是对此表位特异性结合的

词汇解释

• Q2: CTX（Cyclophosphamide）是什么药？
• A2: 环磷酰胺，是一种常见的抗肿瘤化疗药，它可以使得E.hirae从肠道转移到肠系膜和脾脏等免疫组织中去。
• Q3: TMP (Tape-measure protein) 是什么蛋白？
• A3: Tape-measure也叫卷尺。这个蛋白在有尾phage的尾巴上，当这个gene被缩短后，phage尾巴也同等缩短，像卷尺一样可以衡量尾巴的蛋白，因此命名为卷尺蛋白。
• Q4: epitope (抗原表位) 是什么？
• A4: 即抗原表面上与TCR或者BCR特异性结合的区域，一般是在线性或空间上连续的氨基酸序列，也叫抗原决定簇（CDR）。

Figure 1A-B
A: 给小鼠接种MCA205肿瘤；前三天服用广谱抗生素；day4-day19，连续喂食特定strain并间隔使用CTX药物；day25 杀死小鼠并测量tumor size。
B: 小鼠仅使用CTX或者使用CTX+不同strain在day25时，测量的tumor size。