[文献解读#3] 一种反向生态学方法：用基因流定义微生物种群

微生物文献解读：问题串联文章思路，快速看懂正文主图。

A Reverse Ecology Approach Based on a Biological Definition of Microbial Populations

• 杂志：Cell [38.637]
• 发表时间：8 August 2019
• 第一单位：Department of Civil and Environmental Engineering, Massachusetts Institute of Technology
• 第一作者：Philip Arevalo
• 通讯作者：Martin F. Polz
• 链接：https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092867419307366

点评

大家都同样是做HGT，本文题目就丝毫未提及HGT，而是上升到population definition的水平，强调概念的提出而非方法的设计，还避免了与其他HGT方法的比较。从进化学、生态学、种群学出发，将方法升华到方法论+体系的高度，活该人家发cell。

简介

本文从反向生态学角度，开发了一个能够检测近期横向基因转移事件（recent HGT）的算法——-PopCOGenT，可以刻画基因组之间的基因流（gene flow）。由此将微生物种群（population）定义为基因流较为割裂的cluster，进而赋予种群以生态学上的意义。

背景

• Q: 什么是种群（population，下文简称pop）？

• A: 根据传统进化学概念可以推导出，种群是由同一个species的个体、但与该species的其他个体/群体有生殖隔离的成员组成。pop内的个体受到相似的选择压力。可以看出，种群是生态与进化的基本单位，许多生态学和进化学理论都是建立在种群的概念上。

• Q: 为什么要研究种群？特别是微生物的种群？

• A: 植物和动物等大型生物的生殖隔离清晰，种群明确，生态学和进化学理论非常成熟。但是因为HGT在微生物中广为流传，给他们定义种群就特别困难，更别说运用这些成熟的理论了。因此，如何定义微生物种群就显得十分重要（of paramount importance）。一旦定义成功，就可以研究他们在不同环境下与宿主内，如何协作交流、承受进化压力等。

• Q: 16S或者其他marker gene不是可以很好地区分到species层面吗，还研究种群做啥？species与种群是什么关系？

• A: 前人根据生态动态学将微生物的species进一步划分成种群，因此，pop是species更下层的一个划分，而且有生态学上的意义。但是发现无论是species的全基因组ANI（平均核苷酸一致性）cutoff还是16S marker gene都无法将pop区分开来。

• Q: 上个问题产生背后的原因？

• A: 一个pop因为接受同样环境下的gene sweep（就是选择压力同时对不同genome上同样的位置产生压力使得他们发生相同改变），因此在一些片段或者位点产生了一样的变化（可以是因为点突变也可以是因为HGT/重组）。但是genome的其他地方还是保持相对不变，因此当用整个基因组相似性来做cutoff，或是单纯比较16S时，他们基本是分不开的。除非，你把这些一致变化的片段+位点拿出来，只看他们，否则是无法区别的。

• Q: 什么是反向生态学(reverse ecology)？

• A: 我们先说一下遗传学。正向遗传学是从表型变化研究基因变化，反向遗传学则是从基因变化研究表型变化。其实类比到这里也是一样的，传统生态学是先看生态上有区别的群体，再研究基因层面上是什么造成了区别。因此，反向生态学就是，先研究基因，从基因上推断生态学上的区别。它在本文中具体阐释为：uses comparative genomics to predict ecological and metabolic features without any prior assumptions – 不事先知道生态上的信息，仅依靠比较基因组学来预测生态与代谢特征。

• Q: 所以本文到底用反向生态学怎么解决了上面的问题？

• A: 通俗点说，本文就是检测了一堆来同一个species的genomes的近期HGT，用有无HGT以及HGT的长度确定genomes（为网络的节点）中的gene flow关系和大小（为网络的边），画成网络。将网络上gene flow割裂的簇划分出来，定义为pop。因为gene flow在pop内高，pop间低，代表了基因的流向的隔离，同时gene flow将gene 功能赋予每个簇，因此也有生态学上的意义，这就实现了反向生态学的方法论–从基因组反推生态功能。

补充：

• Q: strain和population的区别？和genomes的区别？
• A: 我认为：把你比作一个genome，那strain就是你的直系亲属们（爸妈、儿女，你们几乎一模一样，可能就一丁点区别可以忽略不计）。population就是华人。species就是你所在的智人种。所以虽然你和黑人白人都是智人但是华人来往更紧密，且基因几乎不外流（除了并未与其他有色人种有生殖隔离，此比喻很恰当了）。

结果

PopCOGenT的算法思想

• Q1: 算法最重要的假设是什么？什么是identical region？