ITK-SNAP的学习（二）感兴趣区域的勾画

首先导入数据，导入数据后调整窗宽窗位到合适的位置，然后就可以进行手动标注感兴趣区域。

点击工具栏中的Polygon Mode（3）进行手动标注，选择之后默认是Smooth curve，另一个是Polygon表示画的不是平滑边界，建议使用默认：

放大图像，勾画感兴趣区域勾画好之后accept会被激活，点击accept之后感兴趣区域就会被画出来：

多画几层，如果前一层与后一层的相差不大可以点击paste last polygon进行复制粘贴轮廓，然后进行微调。

当点击accept报错以及进行半自动勾画时没有颜色显示在图像上时：

将Paint Over改成All Labels即可

点击笔刷，可以画或者修改感兴趣区域，点击鼠标左键画，鼠标右键擦除，画的差不多之后可以点击updata查看3D：

会发现我画的都是单层的：

要将其连贯起来点击Tools -> Interpolate Labels -> 默认点击Interpolate即可

接下来演示半自动勾画，先将之前画的删除，点击Segmentation -> Unload Segmentation -> Discard:

然后点击不规则多边形进行半自动化标注，鼠标左键画，右键擦除：

可以选择3D以及Isotropic，3D会自动帮助勾画上下多层，Isotropic保证一次勾画的是一个孤立的点（即完整的ROI，不会出现断点的ROI）

点击updata显示3D图像：

接下来对感兴趣区域进行存储，点击Segmentation -> Save Segmentation Image即可。

还有一种一体式的半自动勾画方法，即使用Active Contour Segmentation mode：

点击之后会出现虚线矩形框，初始的框是将整个图像框起来的，要将图像缩小才便于观察，然后调整矩形框的大小框定感兴趣区域，要调两个位的大小，第三个框会自动调整。

然后点击Segment 3D:

形成的图像如图：

点击下面的布局按钮，可以同时显示原图和active contour算法的速度图。：

对于速度图，白色的区域为感兴趣区域，是速度延展非常快的地方；蓝色为背景区域，不会延展到的地方；黑色是会让延展变慢的区域。因此在速度图中应该尽量让感兴趣区域为白色，其他区域为蓝色。因此我这里需要调整阈值，使得原本的黑色变为白色，白色尽量变为蓝色区域，我的感兴趣区域为中间的圆形部位：

调整好阈值之后点击Next进行下一步，但是在我的屏幕上并没有出现Next，这是由于还有一部分在下面显示不出来，出现这种情况只需将电脑桌面大小修改小一点即可。鼠标右键 -> 显示设置 -> 缩放与布局 -> 高级缩放设置，默认是150%，我将其调成了140%。这种自定义布局要将电脑关机或重启才能生效。

改变之后可以完整的显示出ITK-SNAP的完整页面，点击next，并将十字放置于感兴趣区域的中心位置：

然后点击Add Bubble at Cursor，并调整圆的大小，放大一点使得感兴趣区域生长的更快：

然后继续点击next，然后会发现颜色加深了，再点击开始，让该算法扩展感兴趣区域，等到扩展差不多时及时按下暂停键，防止扩展到其他部分：

然后点击finish，会发现感兴趣区域已经勾画完成：

对于算法中勾画出的误差使用笔刷进行手动删除即可：

下面讲述Active contour半自动勾画感兴趣的另一个算法，在这之前先删除之前的勾画，点击Segmentation -> Unload Segmentation -> Discard。

依旧点击蛇形图标 -> Segment 3D然后选择Presegmentation mode，里面有Classification分类，Clustering聚类（参数不太好调整），Edge Atrraction边缘检测（检测的边界较粗糙）。

此处选择Classification算法，该算法告诉机器学习不同的组织分类，用红色区域大致描一下感兴趣区域，绿色表示另一个组织，蓝色表示非兴趣区域，然后点击Train Classifier进行训练，就可以在速度图上看到机器学习的蓝色背景和白色的兴趣区域：

然后点击Next，添加Bubble，点击Next -> 开始键让其扩展学习，并及时按暂停。

然后点击Finish，可以看到勾画出的感兴趣区域。

建议感兴趣区域最好不要超出其轮廓范围，可以稍小保证内部成分的准确性，如果触碰到边界会收到极端值的影响，造成结果不稳定。

可以使用Image Annotation Mode测量尺寸，也可以选择Selection Mode选择其中一条，若要删除点击delet即可。