3D Slicer的学习(二) 图像的分割

选择segment准备对图像进行分割:

点击Add之后对应的图标被点亮:

点击draw,在图像上按住鼠标左键,勾勒黄色线条,点击鼠标右键自动闭合涂色。

擦除如图:

点击remove删除该图像:

先对不同层级标注,然后点击Fill between slices -> Initialize -> Apply拖动层级颜色区域就会变成连续自适应的动态变化区域。

其他三张图片如图:

点击Threshold -> 调节阈值范围 -> Apply

点击Show 3D,显示该阈值所表示的骨头结构:

使用Scissors裁剪不需要的部分:

先将窗宽窗位调成腹部如图(窗宽窗位随时都可以调整):

如图,点击Level tracing,在图像上放置鼠标,会显示可能想要选中区域的轮廓,点击鼠标右键会将其显示为蓝色。然后可以用橡皮擦擦去不想要选中的部分。

用paint画上三个方位的肺(也可能不是肺),如图:

然后点击Grow from seeds -> Initialize -> Apply,显示3D之后会自动扩展到其他位置的相同部位,从而展示整个部位。

Smothing用于去噪:

Margin增大或缩小所选区域的范围,其中Grow是扩大,Shrink是缩小:

Hollow如图所选功能为保留边缘3mm,点击Aplly之后效果如图:

Islands用于保留大区域或者小区域:

Logical operators用于两个区域进行交互,有多种交互方式,其中copy功能要求上下两个区域不一样才能Apply。

如图为copy之后,将黄色区域的颜色复制到原本的绿色区域。

Mask volume中Fill inside是覆盖原本涂色的区域,outside是覆盖着色区域以外的部分,而且点击Apply之后,Output Volume会生成一个新的文件:

如图就是新保存的图像:

### 使用3D Slicer进行脑部脉络丛的图像分割 #### 软件准备 为了使用3D Slicer进行脑部脉络丛的图像分割,需先访问官网下载并安装最新版本的3D Slicer软件[^1]。 #### 加载数据 启动3D Slicer后,通过`File->Add Data`选项加载含有脑部脉络丛的CT或MRI扫描图像文件。也可以直接将DICOM或其他支持格式的数据集拖拽至程序口内完成加载操作。 #### 初始化分割模块 进入Slicer界面,在左侧Modules面板找到并点击“Segment Editor”,这一步骤会激活用于编辑和创建新分段的功能区。 #### 创建初始轮廓 利用Slice视图下的绘图工具(Paintbrush Tool),在横断面、冠状面或是矢状面上描绘出大致覆盖目标区域——即脉络丛置的初步边界线。此时建议放大显示倍率以提高精度,并可适当调整画笔大小适应不同解剖结构特征。 #### 自动化扩展与精细化修正 应用“Grow from Seeds”功能自动向外生长选定范围内的像素点来填充整个感兴趣对象;随后借助Erase、Scissors等辅助手段去除多余部分,确保最终形成的三维模型仅限于真实的脉络丛形态。 #### 多切片间一致性处理 对于连续多个层面均存在相同组织的情况,“Fill Between Slices”命令可以帮助快速实现跨层间的平滑过渡效果,从而构建更加完整的立体表现形式。 #### 结果评估及优化迭代 反复对比原始影像资料同生成的结果之间的吻合度,必要时返回前面任一环节继续微调直至满意为止。期间还可以尝试改变阈值设定、引入额外约束条件等方式进一步提升准确性。 #### 输出成果 确认无误之后,可通过Export按钮导出所获得的分割结果为STL、NRRD等多种常用医学可视化平台兼容的标准文件格式以便后续分析研究之用。 ```python # Python脚本示例:批量导入多张图片作为输入源 import os from slicer.util import loadVolume, saveNode directory_path = '/path/to/image/folder' for filename in sorted(os.listdir(directory_path)): if not filename.endswith('.dcm'): continue file_path = os.path.join(directory_path, filename) volume_node = loadVolume(file_path) saveNode(volume_node, "/output/path/file.nrrd") ```
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