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微生物组
u010009053
这个作者很懒,什么都没留下…
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群落组间差异分析
1. Biomarker根据丰度信息,找出不同组分之间的差异因素(物种、功能),继而确定其生物学的相关性。2.专业分析软件 Metastats LEfSe STAMPMetastats应用范围:只能两组样本之间比较(非参数T检验(参数T检验,一般用于正态分布),卡方检验)分析上可以没有生物学重复作用:差异物种分析差异功能分析特点:只能做两组之间的对比(在利用one wa...原创 2019-08-13 14:09:57 · 3763 阅读 · 0 评论 -
Beta 多样性排序分析方法与比较
定义β 多样性是不同生态系统之间多样性的比较,是物种组成沿环境梯度或者群落间的变化率,用来表示物种种类对环境异质性的反应。一般来说,包括物种改变(多少)和物种产生(有无)两部分。意义衡量不同因素下的样本多样性变化程度,从而辅助找出影响微生物群落变化的因素。特征分析法直角坐标、特征值特征分析最大好处就是用最少(最重要)的坐标轴(特征值)展示(还原)最多的变量位置(数据距离)PCA与CA...原创 2019-08-14 09:48:37 · 6834 阅读 · 0 评论 -
微生物基因组研究之群体研究
生物研究核心问题是什么?有什么功能?有什么特别?包括为什么适应这种环境,有什么差别等基因组层面:进化关系,涉及到溯源与历史发展,说明进化历程基因功能,注释功能作用,比较理论,还需要其他组学进行验证变异信息,检测SNP,SV,下一步研究碱基进化速率等其他问题微生物基因组分析流程基因基本功能注释常用数据库Nr: 全面的非冗余蛋白功能数据库SwissProt:经过验证...原创 2019-08-14 15:19:37 · 227 阅读 · 0 评论 -
微生物组测序方法比较
这里对标记基因、宏基因组以及宏转录组进行比较,见下表。如果实验目的是想获得微生物组较高水平、但分辨率较低的概述,首选标记基因测序。宏基因组测序可以通过分析样本中的总DNA而获得更多的细节,可以在菌株的水平上加以辨别,并提供更多的分子功能信息的基因。对于宏转录组测序,则是更多低用于描述微生物群落中的基因表达。原文参考:Best practices for analysing microbiome...原创 2019-08-15 09:07:35 · 1638 阅读 · 0 评论