jbrowse中配置左边菜单的解决方法

最新推荐文章于 2023-11-30 18:01:08 发布
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分类专栏： jbrowse
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首先，需要把要显示的序列配置进物种文件夹当中的trackList.json配置文件。


然后，将路径配置进入左边菜单栏中。


箭头（1）所指的位置，内容分要和trackList.conf中的track name一致

箭头（2）所指的位置上的配置内容是wiggle track的对应数据文件【big wiggle类型】

箭头（3）所指的位置的配置内容是菜单当中的分类，如图：


u010585120
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Jbrowse染色体片段的显示的配置方法
破晓
09-18 2112
使用gff3格式的数据，通过jbrowse自带的perl脚本进行转化，具体命令实例如下所示： bin/flatfile-to-json.pl --gff data_files/小鼠.GRCm38.78.gff --trackType CanvasFeatures --out sample_data/json/Guinea_pigs --trackLabel Guinea_pigs    
Jbrowse【基因浏览器】配置物种选择项的配置方法
破晓
09-18 2016
下面是要配置如上箭头所指的物种选择项的方法： in jbrowse.conf [datasets/volvox] url = ?data=sample_data/json/volvox name = Volvox Example [datasets/modencode] url = ?data=sample_data/json/modencode name = MODEnc
Jbrowse中Alignment track的具体配置方法
破晓
09-24 1012
需要将配置信息配置在tracks.conf文件当中。 具体配置用例： [ tracks . Sclera-2days-fellow ] style.height = 7 key = BAM - Sclera-2days-fellow.bam storeClass = JBrowse/Store/SeqFeature/BAM urlTemplate = data/Sclera-2days-fel
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weixin_34109408的博客
09-29 448
但JBrowse要展示数据达到一定量级之后，如何方便管理这些track就成了一个问题，JBrowse支持三种track选择器： JBrowse/View/TrackList/Simple：已经作古的选择方法 JBrowse/View/TrackList/Hierarchical：默认通过勾选的方法选择需要展...
基因组浏览器Jbrowse2使用和配置，支持多种格式的基因组文件
Opticalproperti的博客
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如何简单使用jbrowse2基因组浏览器
flybase-jbrowse:FlyBase的演示JBrowse Docker配置
03-20
flybase-jbrowse FlyBase的演示JBrowse Docker配置
agr_jbrowse_config：包含所有MOD贡献数据的JBrowse配置文件
02-23
标题提到的"agr_jbrowse_config"是AGR项目中用于配置JBrowse的部分，JBrowse是一个流行的、基于Web的基因组浏览器，用于可视化和探索基因组序列数据、注释以及其他生物学信息。 JBrowse是一个用JavaScript和Perl...
jbrowse-components：具有JBrowse 2 Web，JBrowse 2桌面等的Monorepo
02-23
主页 文件先决条件 （节点10或更高）安装（Linux / Mac） 只需克隆git repo并在根存储库中运行yarn git clone https://github.com/GMOD/jbrowse-components.gitcd jbrowse-componentsyarn安装（Windows） # Make ...
RemoveGridOption:JBrowse插件添加用于切换网格线的菜单项
05-16
本文将深入探讨"RemoveGridOption"，这是一个针对JBrowse的插件，它的主要功能是为用户提供一个菜单选项，以便切换基因组浏览器中的网格线显示。JBrowse是一款强大的、开源的Web-based基因组浏览工具，它使得研究...
proportionalmultibw:JBrowse插件以堆叠比例显示多个BigWig轨道
05-03
将发行版解压缩到JBrowse的plugins目录中。 该文件夹必须命名为： $JBROWSE_ROOT/plugins/ProportionalMultiBw 打开包装后，您应该能够看到： $JBROWSE_ROOT/plugins/ProportionalMultiBw/img/zoom_in.png ...
The JBrowse Genome Browser
03-24
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jbrowse, 用JavaScript和HTML5构建的现代基因组浏览器.zip
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05-07
多头大佬 一个JBrowse插件，用于在单个轨道上绘制多个bigwig文件。 包括一个接受多个bigwig URL的商店类和一个用于呈现子轨道的自定义轨道类型。 带有具有不同组着色的MultiDensity和MultiXYPlot的图形 示例配置 trackList.json的示例（以MultiDensity为例） { "storeClass" : "MultiBigWig/Store/SeqFeature/MultiBigWig", "urlTemplates" : [ {"url":"bw/C0535ACXX_LJA288_0.bw","name":"C0535ACXX_LJA288_0", "color": "red"}, {"url":"bw/C0535ACXX_LJA38_0.bw","name":"C0535ACXX_
jbrowse:使用JavaScript和HTML5构建的现代基因组浏览器
05-02
注意：我们目前的大部分开发工作都在JBrowse 2上，请在此处查看我们的github存储库 我们仍将继续进行JBrowse 1的错误修复和维护版本，但是大多数开发都在JBrowse 2上进行。 安装JBrowse 要安装jbrowse，请访问并下载最新的JBrowse zip文件。 有关设置示例实例的教程，请参见上的说明。 从GitHub安装JBrowse（面向开发人员） 要从GitHub安装，您只需克隆存储库并运行setup.sh脚本即可 git clone https://github.com/GMOD/jbrowse cd jbrowse ./setup.sh 开发JBrowse或JBrowse插件 获取jbrowse开发环境，例如用于jbrowse源代码编辑或插件开发（或仅从github存储库运行jbrowse） git clone https://github.com/
基于html 和javascript搭建基因组浏览器 ---Jbrowse（附代码，并说清楚踩坑之处）
weixin_51192038的博客
05-09 1755
由于自己的项目缺少一部分可以展示的基因组浏览器，看到很多网站都用了jbrowse这个浏览器，所以我也跟着学习了一下，并放在了自己的项目里。 下面说下学习方法： 我是根据官方文档学习的： https://jbrowse.org/jb2/docs/tutorials/embed_linear_genome_view/01_introduction/ 1、安装jbrowse 我用的npm安装的 #在终端安装 npm install -g @jbrowse/cli #安装之后，在终端输入下面这行命令，看看是否会出
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准备参考序列 注意:这一步必须在后续步骤之前运行。 通常，我们需要准备一个物种的基因组fasta文件，当然RNA和protein都是没有问题。通过prepare-refseqs.pl格式化生成的track，这为后续所有文件提供一个坐标，一直放大后参考序列的碱基也会显示出来。生成的track 会为后续所有文...
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05-19
如果在JBrowse数据文件夹下的tracks.conf文件中没有任何内容，那么可能是该文件在创建数据文件夹时没有被正确地生成。您可以手动创建一个新的tracks.conf文件并将其放置在JBrowse数据文件夹中。 要创建一个新的...
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