本文描述了在 Ubuntu 12.04 系统下安装 Gromacs 4.6.5(CPU 版和 GPU版)的详细步骤。
编译机器安装的 NV 显卡驱动为 319.82,CUDA 版本是 5.5(安装在/usr/local/cuda目录下),已经正确安装软件 freeglut 和 g++。
安装 gromacs 之前,需要先安装 fftw、openmpi 和 cmake。各软件的安装版本和规划要安装的目录如下:
序号 |
软件 |
版本号 |
安装目录 |
1 |
fftw |
3.3 |
/opt/fftw |
2 |
openmpi |
1.6.5 |
/opt/openmpi |
3 |
cmake |
2.8.9 |