Centos7.0 部署 GPU-BLAST

    首先我们来认识几个词汇：

 

• NIH（National Institutes of Health）美国国立卫生研究院；

 

• NLM（National Library of Medicine）美国国立医学图书馆；

 

• NCBI （National Center for Biotechnology Information）美国国立生物技术信息中心。

 

由于意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，美国参议员 Claude Pepper 发起了在 1988 年 11 月 4 日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。

 

隶属关系如下：NCBI 是在 NIH 的 NLM 的一个分支。

 

• BLAST（Basic Local Alignment Search Tool)）：生物信息学研究中经常需要进行序列比对，BLAST 是传统的序列比对工具，可以在蛋白质数据库或 DNA 数据库中进行相似性的比较分析；

 

• NCBI-BLAST：NCBI 提供的 BLAST 2.0，和最初的 BLAST 相比，已经可以处理有缺口的比对序列了；

 

随着生物序列数据的快速增长，大批量序列比对变得极为耗时，近年来开始利用 GPU 加速生物序列比对，许多传统的序列比对工具和算法都在 GPU 上得以移植实现。

 

• GPU-BLAST：可以调用 GPU 的 BLAST 程序；

 

 

    参考官网 GPU-BLAST 的安装和使用文档，本文详细描述了在 Centos7.0 系统部署 GPU-BLAST 的步骤，并且运行了样例程序，在 K80 平台体验了 GPU-BLAST 的加速效果。

 

    1. 安装 Centos7.0；

 

        可参考 Centos 7.0 （1) 安装。

 

    2. 安装 nvidia 显卡驱动；

 

        可参考 Centos 7.0 （7) 安装 nvidia 显卡驱动。

 

3. 安装 CUDA；

 

        安装CUDA7.5。

 

       详细安装过程请见附录。

 

4. 安装GPU-BLAST；

 

      安装 GPU-BLAST 有两种方法。其一是分步安装，先安装 NCBI-BLAST，再安装 GPU-BLAST；其二是同时安装。我们来详细描述方法一的安装。

 

1）安装 NCBI-BLAST

 

      建立一个工作目录，进入该目录。我们的工作目录是 /root/blast。

 

        # wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executa