【R语言 | 如何计算测序数据微生物种类的生态位宽度?如何解释结果】

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已于 2022-05-24 11:59:21 修改

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文章标签： r语言

于 2022-05-22 22:12:20 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/u011794835/article/details/124917515

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本文介绍如何使用R语言的vegan库计算测序数据中的微生物种类生态位宽度。首先安装并导入vegan和相关包，然后利用dune数据集进行示例。通过boxplot和barplot展示生态位宽度分布，最后将结果保存为csv文件，并使用ggplot2绘制物种丰富度条形图。

摘要由CSDN通过智能技术生成

R语言 | 如何计算测序数据微生物种类的生态位宽度?如何解释结果

参考见https://mp.weixin.qq.com/s/MAk7cEQNwUKCKRZ-6xFhbQ（通往学术之路公众号）

参考见https://mp.weixin.qq.com/s/MAk7cEQNwUKCKRZ-6xFhbQ（通往学术之路公众号）

install.packages(“vegan”)#安装vegan
library(vegan)#导入
library(permute)#安装相应的根据提示包
library(lattice)#安装相应的根据提示包
library(vegan)#导入vegan
data(dune,package=‘vegan’)#数据，vegan自带的数据
head(dune)#查看数据
niche_width<-dune#生态位宽度
boxplot(unlist(niche_width),xlab=“Total”,ylab=‘niche breadth index’)#观察它们的生态位宽度分布，箱线图
barplot(unlist(niche_width),xlab=“Total”,ylab=‘niche breadth index’)#具体的物种显示条形图
my_niche_width<-t(niche_width)#重新定义一个生态位宽度文件
write.csv(my_niche_width,“C:/Users/Administrator/Documents/niche_width.csv”)#把这个数据另存csv
my_<-as.data.frame(read.csv(“niche_width.csv”,header = TRUE))#读取这个文件
ggplot(data=my_envdata,aes(x=names,y=aboundant,fill=names))+geom_bar(stat=“identity”)+